中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所（中国科学院－马普学会计算生物学伙伴研究所）（以下简称计算生物学研究所）是我国第一个计算生物学研究机构，由中国科学院与德国马克斯•普郎克学会（简称马普学会）于2005年10月13日在上海生命科学研究院内合作共建。马普学会是德国政府资助的全国性研究机构，也是德国最大的研究机构，成立于1948年2月，现有79个研究机构，人员1万2千多人，主要从事自然科学、人文科学和社会科学的基础研究。马普学会在世界科学界享有很高的声望。1954年以来，德国有30名诺贝尔奖获得者，其中一半来自马普学会。
 
    计算生物学是生物学的一个分支，根据美国国家卫生研究院(NIH)的定义，它是理论与数据分析、数学建模和计算模拟在生物学、行为学、社会群体系统中的应用与研究。计算生物学是生物科学与数学和计算机科学等科学融合后产生的一门新兴交叉学科。过去二十年，随着人类基因组工程的实施和深入，生物学数据获得前所未有的增加，数据的内容也从生理生化数据向遗传、结构、功能及其相互关系等数据发展。同一时期，计算机微处理器芯片、半导体存储器和系统软件也在按照指数方式增长。如何有效利用组合学、统计学等数学方法和现代计算机的强大计算能力，从这些生物学数据中提取有用的知识、发现重大的科学规律，成为生物学家、数学家、计算机学家们面临的巨大挑战，从而导致了计算生物学、生物信息学的产生和发展。生物信息学是对生物学中所得信息的采集、存贮、分析与可视化处理, 而计算生物学，如上文所述，是运用计算技术对生物学问题进行研究。

21 世纪生命科学的一个战略目标是获取关于生命活动和过程的定量知识。这不仅是生命科学知识的深化和研究方法的转变，而且将在短短几年内影响到生物、医学、农业及军事众多领域。计算生物学作为一个新兴学科，已成为当今生命科学和数学科学、计算机科学最具活力的前沿和核心领域之一。近10年来，美国国家卫生研究院、加州大学、斯坦福大学、德克萨斯大学、芝加哥大学、威斯康星大学等机构均成立了计算生物学中心，德国、法国、澳大利亚、意大利、新加坡等国也纷纷建立了计算生物学研究机构。同一时期，国内也有众多高校和研究所开始进行计算生物学领域的研究工作。

我所目前设有三个实验室：组合数学与几何学实验室、计算基因组学实验室和调控基因组学实验室。
组合数学与几何学实验室的研究领域包括：拓朴蛋白质组学；计算生物学中的组合学与几何学方法；组合学在系统发生学中的应用；计算植物学；分子进化；计算生物物理学；生物数据挖掘；数据可视化图像处理；自动推理技术等。

计算基因组学实验室的研究领域包括：群体遗传结构研究；人类复杂遗传疾病研究；生物网络重组研究；新陈代谢通道及控制模型研究；比较生物学；功能基因组学等。
调控基因组学实验室目前正在建设中。 

我所拥有一支来自世界各地的导师队伍。他们学术造诣深厚、专业背景多元化，充分体
现了我所多学科交叉研究的特点。他们曾在《Nature》、《Science》、《PNAS》等学术刊物发表论文多篇。目前在岗导师11名.

我所成立的宗旨之一是开展广泛的国内国际学术交流，成为中国与国际计算生物学界进行高层次学术交流的窗口和基地。成立一年多来，我所已成功主办了四次涉及计算生物学和进化生物学等领域的高水平、高质量的国际学术研讨会和生物数学、结构生物学、系统基因组学和计算神经学等一系列国际培训课程。
在与国内外合作方面，我所与国内外多所大学及研究机构建立了合作关系。与德国的比勒费尔德大学、莱比锡大学、英国的东英格兰大学，美国的斯坦福大学、加里福尼亚大学、宾夕法尼亚大学，新西兰的艾伦威尔森分子生态和进化中心，土耳其的中东技术大学建立了良好的合作关系。国内方面，我所与上海巴斯德研究所、南开大学、复旦大学、上海交通大学等院校已开展了众多学术交流活动，并将进一步建立合作关系。

我所已构建一个一流的科学计算支撑平台，拥有一套包含200多常用生物运算软件的生物集群系统，其中包括mpiBLAST, EMBOSS 和HMMER，能够根据用户的定义,随时扩充和更新最新的基因数据库。同时我们的生物集群系统拥有18个苹果Xserver G5 运行节点, 该服务器拥有完善的64位G5中央处理器, 能更好地支持双精度浮点运算和向量加速运算. 此外,我们还通过组建SAN 存储,构造了千兆级海量存储单位. 
    计算生物学研究所是一个有着美好的发展前景和广阔的发展空间的新兴科研机构，欢迎有志于从事计算生物学研究的广大学生踊跃报考。

联系方式： 
地址：上海市徐汇区岳阳路320号计算生物学研究所
邮编：200031 联系人：李淑琴
电话：021-5492-0453 传真：021-5492-0451
Email: sqli@sibs.ac.cn

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