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生物化学讲义
作者:未知 来源:本站 点击: 时间:2005-3-5
    链为 3’→ 5’),空间走向为右手螺旋,有一个假想的螺旋轴(见自制模型,手指)。P157
    <2>2条链靠链间的H键结合,H键的产生符合碱基配对原则:A=T,G=C,P157,由电镜照片为证。右手螺旋的维持力主要是碱基堆积力(范德华力?疏水力?),其次是氢键。
    <3>DNA的骨架为磷酸和脱氧核糖,在分子外面(相当于梯子的扶手,见自制模型),戊糖平面∥螺旋轴,DNA的侧链基团是碱基,在分子内部(相当于梯子的横档,见自制模型),碱基平面⊥螺旋轴。螺距34&Aring;,直径20&Aring;,10bp/圈。分子背部有一条宽沟称为大沟,分子腹部有一条窄沟叫小沟,复制和转录的有关酶就是付在大沟之处的。
    <4>遗传信息储存在DNA分子的bp序中。
    <5>意义:能够解释DNA的一切物理化学性质;实现了DNA的结构与生物功能之间的统一:精确的自我复制。
    3. 其它的DNA二级结构模型
    <1>A-DNA:B-DNA脱去部分结晶水而形成的,属粗短型DNA,仍为右手双股螺旋,螺距25&Aring;,直径26&Aring;,11bp/圈,进一步脱水可形成C-DNA。
    <2>Z-DNA:左手双股螺旋,人工合成的d(GC)n,属瘦长型,螺距46&Aring;,直径18&Aring;,12bp/圈,大小沟不明显。用免疫学方法探得人体内有存在,是DNA分子局部的二级结构,意义在于封闭基因表达,使复制和转录的酶找不到大沟。
    <3>3股右手螺旋模型:人工合成d(Py)、d(Pu),按照1:2或2:1混合就形成了3股右手螺旋。具体过程是,2条链先形成B-DNA,第三条链从大沟处附上。用免疫学方法探得人体内有存在,意义在于形成分子剪刀,即在DNA分子的转弯处局部解链,其单链搭在正常DNA右手双螺旋的大沟处形成三股右手螺旋,该处易被Fe2+或EDTA水解,利于基因表达。见讲义草图P72。
    <4>环状双链DNA模型:2条反向平行的环状DNA单链按照碱基配对原则形成的右手双螺旋,其数据完全同B-DNA,是原核生物和真核生物细胞器DNA的结构。P159

    二. RNA的二级结构
    1. RNA的种类:
    mRNA:信使RNA,是从基因上转录下来去指导蛋白质合成的RNA。
    tRNA:转运RNA,在蛋白质合成过程中运输aa。
    rRNA:核糖体RNA,是核糖体的组成部分。
    它们都是单链分子
    2. RNA二级结构的通式:发夹结构或茎环结构
    RNA单链局部回折形成2条反向平行的片段,2片段中碱基互补的地方就形成右手双股螺旋,符合A-DNA模型,不互补的地方就形成环状结构。P147草图
    3. tRNA的三叶草结构模型
    P148,几个发夹结构形成4臂4环,从5’端开始
    AA臂:特点:包含3’和5’端,其3’端具有CCA-OH序列。
    功能:这个-OH将和AA中的-COOH形成酯键,携带AA。
    二氢尿嘧啶环:含有二氢尿嘧啶,稀有碱基,即将U(酮式)环中的唯一双键饱和,P132中右。
    反密码环:最底部具有反密码子,可以和mRNA上的密码子配对,将携带的AA送到恰当的位置。
    额外环:显示tRNA特异性的地方,是tRNA分类的依据。
    T?C环:含有稀有碱基T(本应该在DNA中的)、假尿苷?(P134)

    三. DNA的三级结构:在双螺旋结构基础上形成的超螺旋
    1. 两种超螺旋及其意义
    正超螺旋:左手超螺旋,是B-DNA加剧螺旋形成的超螺旋,用绳子示意,非自然选择,不利于基因表达。
    负超螺旋:右手超螺旋,是B-DNA减弱螺旋形成的超螺旋,用绳子示意,自然选择,利于基因表达。
    解链环状DNA:将环状双链DNA中的一条链切断,也可加剧或减弱原来的螺旋,进而形成正超螺旋或负超螺旋。P159
    2. 超螺旋的描述:略

    RNA的三级结构:P149略

    §4.核酸的性质
    一. 一般性质
    1.两性解离:DNA无,只有酸解离(○P),碱基被屏蔽(在分子内部形成了H键)。
    RNA有,有PI。
    2.粘度大:DNA>RNA,粘度由分子长度/直径决定,DNA为线状分子,RNA为线团。
    3.碱的作用:DNA耐碱
    RNA易被碱水解。
    4.显色反应:鉴别DNA和RNA
    浓HCl 浓HCl
    RNA ------→ 绿色化合物 DNA ------→ 蓝紫色化合物
    苔黑酚 二苯胺

    啡啶溴红(荧光染料)和溴嘧啶都可对DNA染色,原理是卡在分子中,DNA的离心和电泳显色可用它们。
    5.溶解性:都溶于水而不溶于乙醇,因此,常用乙醇来沉淀溶液中的DNA和RNA。DNA溶于苯酚而RNA不溶,故可用苯酚来沉淀RNA。
    6.紫外吸收:核酸的?m=260nm,碱基展开程度越大,紫外吸收就越厉害。
    当A=1时,DNA:50ug/ml,RNA和单链DNA:40ug/ml,寡核苷酸:20ug/ml。
    用A260/A280还可来表示核酸的纯度:>1.8,DNA很纯;>2RNA很纯。
    7.沉降速度:对于拓扑异构体(核苷酸数目相同的核酸),其沉降速度为:
    RNA > 超螺旋DNA > 解链环状DNA > 松弛环状DNA > 线形DNA
    也就是在离心管中最上层是线形DNA,最下面是RNA。
    8.电泳:核苷酸、核酸均可以进行电泳,泳动速度主要由分子大小来决定,因此,电泳是测定核酸分子量的好方法。
    9.DNA分子量测定最直接的方法:用适当浓度的EB(溴嘧啶)染色DNA,可以将其他形式的DNA变成线形DNA,用电镜测出其长度,按B-DNA模型算出bp数,根据核苷酸的平均分子量就可计算出DNA的分子量。

    二. DNA的变性与杂交
    1.DNA的变性:在外界因素的影响下,维持DNA双螺旋的碱基堆积力和氢键遭到破坏,使DNA发生解链,物化性质随之改变,生物活性丧失的现象。
    这些因素包括:加热、有机试剂等
    理化性质改变包括:A260增大、粘度下降。
    2.DNA的热变性:
    给DNA溶液加热可使其解链。伴随有增色效应:A260增大(原因是暴露了碱基)。DNA的热变性可以用DNA的熔点来描述。
    DNA的熔点:Tm:加热使一半DNA解链时的温度。在Tm时,A260=A260最大/2
    影响Tm的因素:
    DNA分子中的碱基比:GC/AT↑Tm↑,原因是G=C,A=T,经验公式:GC%=(Tm-69.3)*244
    介质的离子强度:I↑Tm↑。
    复杂度↑Tm↑,复杂度指DNA分子中的最小重复单位中的bp个数。例如:d(AT/TA)n,复杂度为2,d(ATTA/TAAT)n的复杂度为4。
    3.DNA的复性:撤出变性因素后,DNA可以重新形成双

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