（1）、 非极性氨基酸
9种，包括：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、甲硫氨酸氨酸、脯氨酸，这类氨基酸的R基都是疏水性的，在维持蛋白质的三维结构中起着重要作用。
（2）、 不带电何的极性氨基酸
6种，丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺。这类氨基酸的侧链都能与水形成氢键，因此很容易溶于水。
酪氨酸的-OH磷酸化是一个十分普遍的调控机制，Ser和Thr的-OH往往与糖链相连，Asn和Gln的-NH2很容易形成氢键，因此能增加蛋白质的稳定性。
（3）、 带负电荷的aa(酸性aa)
2种，在pH6~7时，谷氨酸和天冬氨酸的第二个羧基解离，因此，带负电何。
（4）、 带正电何的aa(碱性aa)
3种，Arg、Lys、His。在pH7时带净正电荷。
当胶原蛋白中的Lys侧链氧化时能形成很强的分子间(内)交联。Arg的胚基碱性很强，与NaOH相当。His是一个弱碱，在pH7时约10%质子化，是天然的缓冲剂，它往往存在于许多酶的活性中心。
酶的活性中心：His、Ser、Cys
非极性aa一般位于蛋白质的疏水核心，带电荷的aa和极性aa位于表面。
（二） 非编码的蛋白质氨基酸
也称修饰氨基酸，是在蛋白质合成后，由基本氨基酸修饰而来。
Prothrombin(凝血酶原)中含有g-羧基谷氨酸，能结合Ca2+。
结缔组织中最丰富的蛋白质胶原蛋白含有大量4-羟脯氨酸和5-羟赖氨酸。
图3-10  修饰aa的结构

（1）4-羟脯氨酸       

（2）5-羟赖氨酸      
这两种氨基酸主要存在于结缔组织的纤维状蛋白（如胶原蛋白）中。

（3）6-N-甲基赖氨酸（存在于肌球蛋白中）     

(4)г-羧基谷氨酸                   
存在于凝血酶原及某些具有结合Ca2+离子功能的蛋白质中。

（5）Tyr的衍生物： 3.5 -二碘酪氨酸、甲状腺素 （甲状腺蛋白中）
（6）锁链素由4个Lys组成（弹性蛋白中）。
（三） 非蛋白质氨基酸
除参与蛋白质组成的20多种氨基酸外，生物体内存在大量的氨基酸中间代谢产物，它们不是蛋白质的结构单元，但在生物体内具有很多生物学功能，如尿素循环中的L-瓜氨酸和L-鸟氨酸。
（1）L-型α –氨基酸的衍生物
L-瓜氨酸
图

L-鸟氨酸
图
（2）D-型氨基酸
D-Glu、D-Ala（肽聚糖中）、D-Phe（短杆菌肽S）
（3）β-、γ-、δ-氨基酸
β-Ala（泛素的前体）、γ-氨基丁酸（神经递质）。
四、 氨基酸的构型、旋光性和光吸收
1、 氨基酸的构型
除Gly外，19种氨基酸的α-碳原子都是不对称碳原子，因此有两种光学异构体，而Thr和Ile的β-碳原子也是不对称的，因此Thr、Ile各有两个不对称碳原子，有四种光学异构体。


图 P86   L-苏氨酸    D-苏氨酸    L-别一苏    D-别-苏

构成蛋白质的氨基酸均属L-型（L-苏氨酸），大部分游离氨基酸也是L-型。
2、 旋光性
20种氨基酸中，只有Gly无手性碳。Thr、Ile各有两个手性碳。其余17种氨基酸的L型与D型互为镜象关系，互称光学异构体（对映体，或立体异构体）。一个异构体的溶液可使偏振光逆时针旋转（记为（一））。另一个异构体可使偏振光顺时针旋转（计为（+）），称为旋光性。
光学异构体的其它理化性质完全相同。
外消旋物：D-型和L-型的等摩尔混合物。
L-苏氨酸和D-苏氨酸、L-别一苏氨酸和D-别-苏氨酸分别组成消旋物，而L-（D-）苏氨酸和L-（D-）别一苏氨酸则是非对映体。
旋光性物质在化学反应时经过对称的过度态时会发生消旋现象。蛋白质在与碱共热水解时或用一般的化学方法人工合成氨基酸时也会得到无旋光性的D-、L-消旋物。。
内消旋物：分子内消旋
胱氨酸有三种立体异构体：L-胱氨酸、D-胱氨酸、内消旋胱氨酸。
L-胱氨酸和D-胱氨酸是外消旋物
图 P86

L-胱氨酸           D-胱氨酸      内消旋胱氨酸：（分子内部互相抵消而无旋光性）

蛋白质中L型氨基酸的比旋光度

P 87   蛋白质中L型氨基酸的比旋光度。

氨基酸的旋光符号和大小取决于它的R基的性质，并与溶液的PH值有关（PH值影响氨基和羧基的解离）。
3、 氨基酸的光吸收性
20种氨基酸在可见光区域无光吸收，在远紫外区（〈220nm〉均有光吸收，在近紫外区（220-300nm）只有Tyr、Phe、Trp有吸收。
Tyr、Phe、Trp的R基含有共轭双键，在220-300nm紫外区有吸收。
λ（nm）    ε
          Tyr     275       1.4×103
          Phe     257       2.0×102
          Trp     280       5.6×103 
Lambert-Beer：

五、 氨基酸的酸碱性质（重点）
1、 氨基酸在晶体和水溶液中主要以兼性离子形式存在
α-氨基酸都含有-COOH和-NH2，都是不挥发的结晶固体，熔点200-350℃，不溶于非极性溶剂，而易溶于水，这些性质与典型的羧酸（R-COOH）或胺（R-NH2）明显不同。
三个现象：
①晶体溶点高→离子晶格，不是分子晶格。
②不溶于非极性溶剂→极性分子
③介电常数高（氨基酸使水的介电常数增高，而乙醇、丙酮使水的介电常数降低。）→水溶液中的氨基酸是极性分子。
原因：α-羧基pK1在2.0左右，当pH〉3.5，α-羧基以-COO-形式存在。α-氨基pK2在9.4左右，当pH〈8.0时，α-氨基以α-NH+3形式存在。在pH3.5-8.0时，带有相反电荷，因此氨基酸在水溶液中是以两性离子离子形式存在。
Gly溶点232℃比相应的乙酸（16.5℃）、乙胺（-80.5℃）高，可推测氨基酸在晶体状态也是以两性离子形式存在。
图
2、 氨基酸的两性解离和酸碱滴定曲线
HA         A- + H+
pH=pKa/ +Log[共轭碱]／[共轭酸]           pOH=pKb/+Log[共轭酸]／[共轭碱]
（1）pH  〉  pKa/ 时，[碱]  〉  [酸]
     pH  =  pKa/ 时，[碱]  =  [酸]
     pH  〈  pKa/ 时， [酸]  〉  [碱]
（2） pKa/  就是[碱] = [酸]时溶液的pH值，Ka/就是此时溶液的[H+]
（3）当[碱] = [酸]时，溶液的pH值等于pKa/
（4）Gly的两性解离和滴定曲线

图3-14  Gly的滴定曲线
在pH2.34和pH9.60处，Gly具有缓冲能力。

滴定开始时，溶液中主要是Gly+。
起点：100% Gly+  净电荷：+1
第一拐点：            50%Gly + ，50%Gly±  平均净电荷：+0.5
第二拐点：    100%Gly±  净电荷：0    等电点pI
第三拐点：    50%Gly± ， 50%Gly-   平均净电荷：-0.5
终点：         100% Gly-   净电荷：-1

第一拐点：pH=pK+lg[Gly±]/[Gly+]，pH=pK1=2.34

第二拐点：100%Gly±，净电荷为0，此时的pH值称氨基酸的等电点pI。

第三拐点：pH=pK2+lg[Gly-]/[Gly±]=pK2=9.6

Gly的等电点：

等电点时：[Gly-]=[Gly+]
等电点时氢离子浓度用I表示
                 I2=K1·K2      PI=1/2(pK1+pK2)


氨基酸在等电点状态下，溶解度最小
pH 〉 pI时，氨基酸带负电荷，-COOH解离成-COO-，向正极移动。
pH = pI时，氨基酸净电荷为零
pH 〈 pI时，氨基酸带正电荷，-NH2解离成-N+H3，向负极移动。

以Gly为例
pH〉2.34          正      +1.0 — +0.5
pH=2.34          正      +0.5
2.345.97        pH〉9.60          负      -0.5 — -1.0
问题：
（1）pH = pKa/ 时，缓冲能力最大，等电点时缓冲能力最小。为什么？
（2）pI的计算（氨基酸，寡肽），等电点时各组分的比例分析
（3）不同pH下的组成分析和电泳行为

pH 〉 pI时，氨基酸带负电荷，-COOH解离成-COO-，向正极移动。
pH = pI时，氨基酸净电荷为零，溶解度最小
pH 〈 pI时，氨基酸带正电荷，-NH2解离成-N+H3，向负极移动。

（4）利用pI和pKa/确定各种氨基酸适合的酸碱缓冲范围
（5）计算不同氨基酸水溶液的pH值
（6）绘制滴定曲线（Glu）

根据P92页表3-7中Glu的数据（pK1α-COOH 2.19，   pK2α-N+H39.67，pKR R-COOH 4.25，pI 3.22）
①绘出滴定曲线
②指出Glu-和Glu=各一半时的pH值
③指出Glu总是带正电荷的pH范围
④指出Glu±和Glu-能作为缓冲液使用的pH范围
①解：见图
②Glu-和Glu=各50%时pH为9.67
③pH〈3.22时 Glu总带正电荷
④Glu±和Glu-缓冲范围pH4.25左右

P92  表3-7，氨基酸的表观解离常数和等电点

①从表中（P92）可以看出，氨基酸的α-羧基pKa在1.8-2.6间，比典型羧基的pKa（如乙酸pKa为4.76）要小很多，说明氨基酸羧基的酸性此普通羧基强100倍以上。主要原因是氨基酸中α-氨基对α-羧基解离的影响（场效应）。
图
②表中只有His的咪唑基侧链在生理条件下不带电荷。

在生理条件下，只有His有缓冲能力。
血红蛋白中His含量高，在血液中具很强的缓冲能力。
六、 氨基酸的化学性质
（一） α-NH2参加的反应
1、 酰化反应
①酰化试剂：苄氧酰氯、叔丁氧甲酰氯、苯二甲酸酐、对-甲苯磺酰氯。这些酰化剂在多肽和蛋白质的人工合成中被用作氨基保护剂。

②丹磺酰氯（DNS-cl，5—二甲基氨基萘-1-磺酰氯）
DNS—cl可用于多肽链—NH2末端氨基酸的标记和微量氨基酸的定量测定。
图
N     Gly—Ala—Ser—Leu—Phe  C  →→→→    DNS—Gly—Ala—Ser—Leu—Phe  C
水解  DNS—Gly、 Ala、 Ser、 Leu、 Phe
DNS-氨基酸在紫外光激发后发黄色荧光。

③蛋白质的合成
图

④（生物体内）在酶和ATP存在条件下，羧酸也可与氨基酸的氨基作用，形成酰基化产物。
苯甲酸与Gly的氨基的酰基化反应是生物体内解毒作用的一个典型的例子。
将经过匀浆的动物肝脏组织与Gly、苯甲酸和ATP混合保温，从混合液中可分离出N-苯甲酸一Gly。
图

苯甲酸是食品防腐剂，在生物体内转变成N-苯甲酰-Gly后，可经尿排出。
2、 烷基化反应
α-氨基中的氮是一个亲核中心，能发生亲核取代反应。
①肌氨酸是存在于生物组织中重要的组分，它是Gly甲基化的产物：

图

②强亲电的有机物能与α-NH2发生烷基化反应。
第一次大战中使用的芥子气，它的主要作用是使氨基酸的α-氨基烷基化，从而破坏蛋白质的正常功能。

图

③Sanger反应（2.4一二硝基氟苯，DNFP）

图

二硝基苯基氨基酸（DNP-氨基酸），黄色，层析法鉴定，被Sanger用来测定多肽的NH2末端氨基酸。

④Edman反应（苯异硫氰酸酯，PITC）

图

苯氨基硫甲酰衍生物（PTC-氨基酸）   →   苯乙内酰硫脲衍生物（PTH-氨基酸）
PTH-氨基酸，无色，可以用层析法分离鉴定。被Edman用来鉴定多肽的NH2末端氨基酸

⑤生成西佛碱的反应（Schiff）
氨基酸的α氨基与醛类反应，生成西佛碱。

图

西佛碱是某些酶促反应的中间产物（如转氨基反应的中间产物）。
   
⑥含硫氨基酸的烷基化反应
硫原子也是亲核中心，可发生亲核取代反应。
生物体内，最重要的甲基化剂是S-腺苷甲硫氨酸（SAM），是由Met与ATP作用得到的S-烷基化产物。

图

在酶催化下，SAM可以使多种生物分子的氨基甲基化，如磷脂酰胆碱的生物合成。
图

S-腺嘌呤核苷-高半胱氨酸（比Cys多一个CH2）
（二） α-羧基参加的反应
①成盐、成酯
分别与碱、醇作用

②成酰氯的反应（使羧基活化）
氨基被保护后，羧基可与二氯亚砜或五氯化磷反应，生成酰氯。

图

此反应使氨基酸的羧基活化，易与另一个氨基酸的氨基结合，在多肽的人工合成中常用。
（三） α-NH2和α-COOH共同参加的反应 
1、 与茚三酮反应
茚三酮在弱酸中与α-氨基酸共热，引起氨基酸的氧化脱氨，脱羧反应，最后，茚三酮与反应产物——氨和还原茚三酮反应，生成紫色物质。（λmax=570nm）
定性、定量。
（四） 侧链R基参加的反应——用于蛋白质的化学修饰
（不作要求，只提一下，《陶慰孙》第四章）
七、 氨基酸的分离和分析
1、 电泳分离
电泳的基本原理 

举例：Glu、Leu 、His 、Lys，4种混合样，在pH6.0时，泳动方向及相对速度。 
      Glu    Leu    His     Lys
pI    3.22    5.98    7.59    9.74

图
2、 滤纸层析和薄层层析
分配原理
3、 离子交换层析分离氨基酸
磺酸型阳离子交换树脂
图

树脂先用含Na的缓冲液处理成钠盐，且pH在2左右，将氨基酸混合液（pH2-3）上柱，氨基酸此时是阳离子，与树脂上的钠离子交换，被固定在树脂上。
作用力：（1）静电吸引，（2）氨基酸侧链与树脂基质(聚苯乙烯)的疏水作用力
氨基酸分析仪
第三节 肽  peptide
一、 肽和肽键的结构
肽：是由一个氨基酸的羧基和另一个氨基酸的氨基脱水缩合而成的化合物。
肽键：氨基酸间脱水后形成的共价键称肽键（酰氨键），其中的氨基酸单位称氨基酸残基。
由两个氨基酸形成的肽叫二肽，
少于10个氨基酸的肽叫寡肽，
多于10个氨基酸的肽叫多肽。

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