三．用CELLQuest进行仪器的设定和调整
1.从苹果画面中选取CELLQuest，进入CELLQuest后在File指令栏中打开合适的获取模式文件。
2.从屏幕上方Acquire指令栏中，选取ConnectToCytometer（快捷键：苹果键+B）进行电脑和仪器的联机。将出现的AcquisitionControl对话框移至合适位置。
3.从Cytometer指令栏中，开启Detectors/Amps，Threshold，Compensation，Status等四个对话框，并将他们移至屏幕右方，以便获取数据时随时调整获取文件。也可以用&+1，2，3，4获得此四个对话框。
4.在Detectors/Amps对话框中，先为每个参数选择适当的倍增模式（amplifiermode）：线性模式Lin或对数模式Log。一般进行细胞表面抗原分析如分析外周血的淋巴细胞亚群时，FSC和SSC多以线性模式Lin测量，且DDMParam选择FL2，而FL1，FL2，FL3皆以对数模式Log测量；分析细胞DNA含量时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3皆以Lin进行测量，且DDMParam选择FL2；分析血小板表型时，FSC，SSC，FL1，FL2，FL3皆以Log进行测量。
5.放上待检测的样品，将流式细胞仪设定于RUN，流速可在HIGH或LOW上。
6.在AcquisitionControl对话框中，选取Acquire，开始获取细胞。在以下的仪器调整过程中随时选取Pause，Restart以观察调整效果。未完全调整好之前不要去掉Setup前的“√”。
7.在Detectors/Amps对话框中，调整FCS和SSC检测器中的信号增益：PMTvoltages(粗调)与AmpGains(细调)，使样品信号出现在FCS-SSC点图内，且三群细胞分布合理。
8.在Threshold对话框中选择适当的参数设定阀值，并调整Threshold的高低，以减少噪音信号(细胞碎片)。一般做细胞表型时用FSC-H而做DNA时用FL2-H。Threshold并不影响检测器对信号的获取，但可改善画面质量。
9.从屏幕左列绘图工具中选择Region（区域），并在靶细胞周围设定区域线，即通常所说的门。圈定合适的细胞群可使仪器调整更为容易。
10.在Detectors/Amps对话框中，调整荧光检测器(FL1,FL2,FL3,FL4)的倍增程度。根据所用的荧光阴性对照样品调整细胞群，使之分布在正确的区域内。
11.在Compensation对话框中，根据所用的调整补偿用标准荧光样品调整双色（或多色）荧光染色所需的荧光补偿。比如应该为FL1＋FL2－的细胞群却分布在FL1＋FL2＋区域内，则需调大FL2－?%FL1中的“？”，并从FL1－FL2点图中观察新的调整是否恰当。
12.在Status对话框中，LaserPower：正常值－Run/Ready为14.7mW，Standby为5mW；LaserCurrent：正常值为6Amps左右。
13.调整好的仪器设定可在InstrumentSettings对话框中储存，下次进行相同实验时可调出使用，届时只需微调即可。
四、通过预设的获取模式文件进行样品分析
1.从苹果标志中选择CELLQuest，新视窗出现后从File指令栏中选择Open，打开预设的获取模式文件。
2.从屏幕上方Acquire指令栏中，选取ConnectToCytometer（快捷键：苹果键+B）进行电脑和仪器的联机。将出现的AcquisitionControl对话框移至合适位置。
3.从Cytometer指令栏中选择InstrumentSettings,在其对话框中选择Open调出以前存储的相同实验的仪器设定参数，按Set确定。
4.在Acquire指令栏中，选择Acquisition&Storage决定存储的细胞数、参数、信号道数。其中Resolution在做细胞表面标志时选择256，做DNA时选择1024。ParameterSaved…则根据不同的检测对样选择不同的参数。
5.在在Acquire指令栏中，选择ParameterDescription，以决定伟建存储位置(Folder),文件名称(file)，样品代号以及各种参数的标记（panel），即安排tube1,2,3…的检测参数。一般本仪器获取的数据按照检测对样的不同分别存储于FACStationG3\BDApplication\CELLquest\IMM和DNA文件夹中，文件根据日期命名。
6.在Cytometer指令栏中，选择Counters,将此对话框移至合适位置，以便于随时观察events计数。
7.将样品管放至检测区，在Acquire Control对话框中选取Acquire以后启动样品分析测定。
8.微调仪器设定，待细胞群分布合适后轩瑟Acquire Control对话框中的Pause,Abort，去除Setup前的“√”，开始正式获取信号，存储数据。
9.当设定数目的细胞被检测后，获取自动停止并自动存储数据。重复步骤7，继续分析其余样品，至到所有样品数据分析完毕。
10.当所有样品分析完毕，即换上tdH2O，并将FCM置于“Standby”状态，以保护激光管。
五、关机程序
1、从File中选择Quit，退出软件，选择Don’tSave至苹果屏幕。
2、用4ml1:10稀释的漂白液做样品，将上样管至于旁位(Vacuum is On)，吸去约2ml,在将样品架置于中位（Vacuumisoff），再HighRun5分钟。
3、改用tdH2O 4ml做样品，同上处理。
4、按Prime三次。
5、此时仪器自动转为Standby状态，换2mltdH2O，在仪器处于“Standby”状态10分钟后在依次关掉电脑、主机、电源。
6、填写使用登记本。
