未活化的淋巴细胞所分泌的细胞因子极少用流式细胞仪很难检测出来因此在检测前需刺激活化活化所用的刺激素为PMA 佛波酯+ Ionomycin 淋巴细胞在刺激素的作用下活化分泌细胞因子到细胞外因流式细胞仪只能对细胞表面或内部的抗原进行检测如细胞因子分泌到细胞外则检测不到因此必须阻止细胞因子的分泌抑制细胞因子分泌的试剂为Brefedlin A 或Monensin。Th1/Th2 细胞首先是CD4+T 细胞因此存在着用CD4 来设定细胞群的问题我们知道CD4 不但在T 细胞上表达还在所有的单核细胞上表达因此单独用CD4 设门无法将CD4+T细胞区分开来那么我们用CD3 和CD4 双参数设门是否可以呢回答是否定的因为在佛波酯的刺激作用下CD4 抗原的表达会迅速下调甚至完全丧失所以不适合于设门用CD3 和CD8 设门因CD8 不受佛波脂的影响且绝大多数D3+CD8-的细胞都是CD3+CD4+细胞因此可用CD3+CD8-细胞群来确定CD4+T 细胞群。FITC标记CD8，PE标记IL-4和，PE-CY5标记IFN-r，APC或PE-CY7标记CD3。
流式细胞仪要求：488nm或633nm（仅限APC染料）光源，525nm、575nm、675nm，767nm滤光片
⑽、细胞增殖状态检测
核增殖抗PCNA、Ki67、BrdUrd用于衡量细胞增殖分裂状况，在评估肿瘤预后有重要意义。为些标志物的检测一般同细胞表面标志物同时检测。FITC标记PCNA或Ki67或BrdUrd，PE或（并）PE-CY5标记细胞表面标志物。
流式细胞仪要求：488nm或633nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片
⑾、染色体分析
流式细胞仪染色分析运用两种特异性染料：Hoechest33258与核苷酸AT结合；Chromomycin A3与GC相结合。从而在双参数坐标上根据染色体ATCG含量的不同识别各种染色体。平时进行的染色体分析耗时且需要操作者极具经验，而用流式细胞仪时可快速地识别出异常染色体，如加配分选系统可将这些异常染色体分选出来作进一步分析。
流式细胞仪要求：360nm或488nm光源，450nm、580nm滤光片
⑿、BrdUrd标记追踪细胞分化
通过细胞分化时涉入溴化尿嘧啶，再使用抗BrdUrd抗体及PI核酸染料可精确识别它们。在流式细胞仪上可清楚地识别出处于G1、S、G2、M期的细胞，在肿瘤研究中有着重要作用。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm滤光片
⒀、淋巴细胞亚群分析
外周血CD3、CD4、CD8、CD19、NK等各类淋巴细胞亚群定量分析。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm滤光片，液量绝对计数系统
⒁、白血病免疫分型
CD45设门三色白血病免疫分型。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片。最少三色荧光，参数越多检测越为灵敏。
⒂、血小板分析
血小板活化实验、血小板功能分析。血小板识别抗体及相应活化指标。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片，液量绝对计数系统
⒃、白血病、淋巴瘤微小残留病灶检测
根据初诊免疫分型结果，多参数联合设门检测是否有残留白血病细胞，监测白血病的复发。
T系白血病微小残留病灶检测
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片，液量绝对计数系统
B系白血病微小残留病灶检测，液量绝对计数系统
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片。最少三色荧光，参数越多检测越为灵敏。
髓系白血病微小残留病灶检测，液量绝对计数系统
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片。最少三色荧光，参数越多检测越为灵敏。
⒄、细胞凋亡分析
DNA凋亡峰检测、ANNEXIN-V/PI双染法凋亡检测。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm滤光片
⒅、肿瘤耐药分析
P-gp、LRP、MRP、BCRP各类耐药蛋白表达及功能检测。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片
⒆、强直性脊柱炎诊断
检测淋巴细胞B27表达强度及百分比，诊断强直性脊柱炎。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片
⒇、PNH诊断
外周血或骨髓检测淋巴细胞、粒细胞、红细胞或单核细胞CD55、CD59表达强度或百分比，确诊夜间阵发性血红蛋白尿。
流式细胞仪要求： 488nm光源，525nm、575nm、675nm滤光片
