3. 在Dot Plot方框中，Plot Source应预设为Analysis，可点击 Select File 钮，并用随后之方框来开启预存之 Sample Files，它们的路径位于Mac HD：BD Applications：CellQuest Folder：Sample Files。连续双击鼠标来打开次目录，找到档案后，点击 Open来开启 NORM001 档案。X 与 Y 参数项会出现默认值—FSC-H 256 与 SSC-H 256，在Color方框中点击Multicolor Gating，确认无误之后，点击 OK 便完成了一个 NORM001 的 FSC /SSC散点图。
4. 工具板中选择多角形区隔工具，将Cursor 移至FSC/SSC散点图上，并沿着淋巴球聚落周边画出范围，连点击两次可关闭该区域。你已完成 R1区域的界定，我们将以此区域来圈选淋巴细胞。(如果要删除R1区域，您可以在工具列中点选Gates → Region list，以鼠标点选 R1，再按Delete 键删除R1 区域。删除R1区域后，可用绘图工具板，重画R1。)
5. 从Plots菜单中选择Histogram，屏幕上会出现一 Histogram 对话方框。点击 Select File 钮，再点击 Open来开启 NORM001 档案。
说明：直方图（Histogram）表明一个参数与细胞数量之间的关系，在图中，横坐标X轴为荧光或光散射强度的相对值，单位是道数（channel number），纵坐标Y轴则通常表示细胞出现的频率，即相对细胞数。
6. 点击 Parameter 钮来显示 NORM001 档案中所有的参数项，将参数项改成「FL2-H 256 Gamma-2」。从Gate输入栏中将 No Gate 改成G1= R1，点击 OK 便完成了一个以G1圈选的 FL2直方图，图形的 X 轴为橙黄色荧光强度，Y 轴为细胞频率，NORM001 档案为本组实验之阴
性对照组，我们将以之来界定阴性与阳性之界限。
7. 从屏幕左列工具板中，选取 Histogram Marker 工具，然后在图的左缘处点击并拖曳至定点，一般而言是阴性信号的右缘。放开鼠标后即完成Marker 1(M1)。重复前述步骤以增画另一Marker，一般而言 M2 始自 M1 的右缘，终于图的右界。
8. FL2 直方图现在被区隔出两个区域，欲计算各区域中细胞的数据数据，可从 Stats 指令栏中选择 Histogram Stats。
打印报告、输出统计数值
9. 从屏幕上方File菜单中选择Print One，可以打印工作中实验文件。
10. 点选四象限统计表，从屏幕上方File菜单中选择Export Statistics可输出统计数值至Excel档案。在出现方框中命名档案，并决定欲存放档案匣，点击Save。
