当应用流式细胞术对细胞表面或内部抗原进行检测时，除必要的抗体外，应用各种荧光素也是必不可少的，它包括单标记抗体荧光索、双标记抗体荧光素、三标记抗体荧光素等。荧光素发射荧光基本原理是：荧光素受到一定波长(激发波长)的激光激发后，其原子核外的电子由于吸收了激光的能量，由原本运动处于基态轨道跃迁到激发态轨道上运动，然后当电子由激发态重新回到基础态时，释放出能量并发射出一定波长(发射波长)的荧光。
不同荧光素用不同的激发光波长的激发光来激发，所以要选择正确的激光器。例如，FITC和FE等的微发光波长均为488nm，所以可用产生可见光的氩离子激光器，而APC和PC5等的激发波长在红光范围，需使用发射630nm波长红光的氦—氖激光器。
此外，各种荧光素的发射波长也十分重要，可以据此确定其检测所需光电倍增管性质。如FITC，被激光激发后发射绿光，检测时要使用第一光电倍增管(即PMTl)；PE则发射橙包光，需用第二光电倍增管(即PMT2)；PC5和PcrCP等发射的是深红色光，这时需选择第二甚至第四光电倍增管(即PMT3或PMT4)等。
一定要注意激发波长和发射波长的区别！
常用荧光素
流式细胞仪测定常用的荧光染料有多种,他们分子结构不同,激发光谱和发射光谱也各异,选择荧光染料时必须依据流式细胞仪所配备的激光光源的发射光波长(如氩离子气体激光管,它的发射光波488ηm,氦氖离子气体激光管发射光波长633ηm）。488ηm激光光源常用的荧光染料有FITC（异硫氰酸荧光素）、PE（藻红蛋白）、PI（碘化丙啶）、CY5（化青素）、preCP(叶绿素蛋白)、ECD(藻红蛋白-得克萨斯红)等。他们的激发光和发射光波长分别是：
激发光波长（ηm） 发射光峰值（ηm）
FITC 488 525（绿）
PE 488 575（橙红）
PI 488 630（橙红）
ECD 488 610（红）
CY5 488 675（深红）
PreCP 488 675（深红）
