5．放上待检测的样品，将流式细胞仪设定于RUN，流速可在HIGH或LOW上。
6．在AcquisitonControl对话框中，选取Acquire，开始获取细胞。在以下的仪器调整过程中随时选取Pause，Restart以观察调整效果。未完全调整好之前不要去掉SETUP前的“3”。
7．在Detectors/Amps对话框中，调整FSC和SSC探测器中的信号倍增度：PMTvoltages（粗调）与AmpGains（细调），使样品信号出现在FSC-SSC点图内,且三群细胞合理分布。
8．在Threshold对话框中选择适当的参数设定Threshold，并调整Threshold的高低，以减少噪音信号（细胞碎片）。一般做细胞表型时用FSC－H而做DNA时用FL2－H。Threshold并不影响检测器对信号的获取，但可改善画面质量。
9．从屏幕左列绘图工具中选取Region（区域），并在靶细胞周围设定区域线，即通常所说的门。圈定合适的细胞群可使仪器调整更为容易。
10．在Detectors/Amps对话框中，调整荧光检测器（FL1,FL2,FL3,FL4等）的倍增程度。根据所用的荧光阴性对照样品调整细胞群，使之分布在正确的区域内。
11．在Compensation对话框中，根据所用的调补偿用标准荧光样品调整双色（或多色）荧光染色所需的荧光补偿。比如应该为FL1+FL2-的细胞群却分布在FL1＋FL2＋区域内，则需调大FL2－？％FL1中的“？”，并从FL1-FL2点图中观察新的调整是否恰当
12．在Status对话框中可见：LaserPower:正常值—Run/Ready为14.7mW，Standby为5mW；Lasercurrent:正常值为6Amps左右。
13．调整好的仪器设定可在InstrumentSettings对话框中储存，下次进行相同实验时可调出使用，届时只需微调即可。
X.本计算机中已有三个名叫储存于FACStationG3\BDApplications\CELLQuestFolder\IMM-InstrSettings及FACStationG3\BDFiles\InstrumentSettingsFiles\CalibFile和Mast-Cell-Set的参数文件，前二者可用于分析人白细胞，后者用于分析小鼠肥大细胞。
四．通过预设的获取模式文件进行样品分析
1．从苹果标志中选择CELLQUEST，新视窗出现后从File指令栏中选择Open，打开预设的获取模式文件。
2．从屏幕上方Acquire指令栏中，选取ConnecttoCytometer进行电脑和仪器的连机。将出现的AcquisitonControl对话框移至合适位置。
3．从Cytometer指令栏中选取InstrumentSettings，在其对话框中选择Open以调出以前存储的相同实验的仪器设定，按Set确定。
4．在Acquire指令栏中，选择Acquisition&Storage决定储存的细胞数，参数，信号道数。其中Resolution在做细胞表面标志时选择256，做DNA时选择1024。ParameterSaved…则根据不同的检测对象选择不同的参数。
5．在Acquire指令栏中，选择ParameterDescription，以决定文件存储位置(folder)，文件名称(file)，样品代号以及各种参数的标记(panel)，即安排tube1，2，3…的检测参数。一般本仪器获取的数据按照检测对象的不同分别储存于FACStationG3\BDApplications\CELLQuest\IMM和DNA文件夹中。文件根据日期命名。
6．在Cytometer指令栏中，选择Counters，将此对话框移至合适位置，以便于随时观察events计数。
7．将样品试管放至检测区，在AcquireControl对话框中选取Acquire以启动样品分析测定。
8．微调仪器设定，待细胞群分布合适后选择AcquireControl对话框中Pause,Abort,去除Setup前的“3”，开始正式获取信号，存储数据。
9．当一定数目的细胞被测定后，获取会自动停止，并会自动存储数据。重复步骤7，继续分析下一个样品，直到所有的样品数据分析完毕。
X.当所有样品分析分析完毕，即换上三蒸水，并将流式细胞仪置于“STANDBY”状态，以保护激光管。
五．关机程序：
1．从File中选择Quit,退出软件，选择Don’tSave至苹果屏幕。
2．用4ml1：10稀释的漂白水作样品，将样品置于旁位（vacuumison），以外管吸去约2ml，在将样品架置于中位（vacuumisoff），再HIGHRUN5分钟（内管吸去2ml）。
3．改用三蒸水4ml作样品,同上处理。
4．按Prime三次。
5．此时仪器自动转为STANDBY状态，换2ml三蒸水。必须在仪器处于“STANDBY”状态10分钟后再依次关掉计算机、打印机、主机、稳压电源，以延长激光管寿命，并确保应用软件的正常运行。
填写使用登记表。
