所有三级生物安全柜经HEPA过滤器过滤后的洁净空气提供产品保护,并且防止样品交叉污染的情况出现。废气通常经由HEPA过滤。或者将两个HEPA过滤器并排使用。实验所需的物品同过安置在安全柜侧面的隔离通道送进柜内。三级安全柜通常直接将废气排到实验室。然而,空气也可以通过外接的排气管道直接排到外界环境。当使用排气管道系统的时候,三级安全柜也适用于在试验中需要添加有毒化学品的微生物操作。
所有三级生物安全柜都可在涉及一,二,三,四级生物安全水平的微生物因子实验中使用。尤其适用于产生致命因子的生物试验。

Fig 4. 三级生物安全柜 Class III BSC

