A型安全柜排出的气体重新排入实验室，它们可能含有正气压形成的污染源。当在微生物操作过程中需要添加有毒化学品的时候，此类生物安全柜不能被使用。排气HEPA高效过滤器只能消除空气气溶胶的危害，而不能过滤掉化学毒雾。
二级A1型安全柜周边的压强高于周围环境的压强，这与二级A2型负压相比，安全性相对较低。一旦正压区域出现泄漏，泄漏的气溶胶将被负气压再次吸进负气压区域，不会造成外界空气污染。为了安全，A1型生物安全柜的设计已经过时。就A2级生物安全柜而言，大约70%的空气经正向压力重新回到生物柜内的操作区域，而剩余的30%则经过排风过滤器进入房间内或被排到外面。
Fig 2. 二级A2型安全柜 Class II Type A2
二级B型生物安全柜
A型和B型生物安全柜的主要区别在于：B型安全柜必须安装外接风机，并且气体通过导管建筑物的排风系统直接排到实验室外。如果没有外接风机，安全柜的内部风机会将工作区内的空气（和微生物因子）经过前台操作人员，吹向操作人员的脸上，从而导致极为危险的状况。此类安全柜不能算作性能平衡的安全柜，因为内置的风机只能产生下沉气流，安全柜的工作还依赖外接风机产生进流。
对于所有B型生物安全柜，可以考虑在风机的排气出口端和建筑物排气端口之间安装空气净化系统，用以中和稀释排气中的化学毒雾，从而加强安全柜的环保性能。
虽然B型生物安全柜在对进行化学物品操作时被广泛使用，但是从理论上说，它的安全水平相对于A型安全柜已经大大提高。通过将空气直接排到外界环境，它们提供更为妥善的安全防护，尤其是当HEPA高效过滤器出现故障时。
