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PFGE(脉冲场凝胶电泳)标准操作规程(SOP)
作者:未知 来源:国家CDC科室培训资料 时间:2007-7-15

    四、胶块内DNA的酶切
    1、在1.5ml eppendorf管上标记好相应的样品及H9812的名称。
    2、按照下面的比例配制缓冲液H的稀释液,混匀。
    试剂µl/胶块µl /10胶块
    纯水180µl1800µl
    Buffer D20µl200µl
    总体积200µl2000µl
    注意:缓冲液要置于冰上。
    3、在每个1.5ml eppendorf管中加入200µl缓冲液H的稀释液。
    4、小心从TE中取出胶块放在干净的培养皿上。
    5、用刀片切下2mm宽的胶块放入1.5ml eppendorf管中。确保胶块在液面下面。将剩余的胶块放回原来的TE中。
    6、用同样的方法处理标准株H9812的胶块。
    7、将管子放在37℃水浴中孵育10-15分钟。
    8、在用稀释缓冲液孵育的过程中,按照以下的比例配制酶切缓冲液,混匀。
    试剂µl/胶块µl /10胶块
    纯水175µl1750µl
    Buffer D20µl200µl
    酶(10U/µl)5µl50µl
    总体积200µl2000µl
    注意:
    (1)将酶置于冰上,用后立即放在-20℃保存。
    (2)用枪头吸出缓冲液H,避免损伤胶块。
    9、每管加入200µl混合液,轻轻在实验台上磕管子的底部,确保胶块在液面的下面。
    10、在37℃水浴中孵育至少2小时。
    五、加样
    (一)将胶块直接粘在梳子齿上
    1、调整梳子的高度,使梳子齿与胶槽的底面相接触。用水平仪调整胶槽使
    其水平。
    2、从37℃水浴中取出胶块,平衡到室温。
    3、用枪头吸出酶切混合液,避免损伤或吸出胶块。
    4、每管加入200µl 0.5×TBE。
    5、把梳子平放在胶槽上,把胶块加在梳子齿上。如果用的是10个齿的梳
    子,把标准菌株H9812加在第1、5、10个齿上。
    6、用吸水纸的边缘吸去胶块附近多余的液体,在室温下风干约3分钟。
    7、把梳子放入胶槽,确保所有的胶块在一条线上,并且胶块与胶槽的底面
    相接触。从胶槽的下部中央缓慢到入100ml熔化的在55℃-60℃平衡的1%SKG。避免气泡的生成;如果有,用枪头消除。在室温下凝固30分钟左右。
    8、记录加样顺序。
    (二)将胶块直接加在加样孔内
    1、调整梳子的高度,使梳子齿与胶槽的底面有一定间距。用水平仪调整胶
    槽使其水平。
    2、把梳子放入胶槽,从胶槽的中央缓慢倒入100ml熔化的在55℃-60℃平
    衡的1%SKG。避免气泡的生成;如果有,用枪头消除。在室温下凝固30分钟左右。
    3、小心拔出梳子。
    4、从37℃水浴中取出胶块,平衡到室温。
    5、用枪头吸出酶切混合液,避免损伤或吸出胶块。
    6、每块胶加入200µl 0.5×TBE平衡。
    7、用小铲将胶块加入加样孔。
    8、用溶化的胶封闭加样孔。

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