生物安全柜的选择最基本取决于生物试验中所使用的试验品类型：
1、如果生物试验中只涉及微生物样品，可以使用基本类型的生物安全柜；
2、如果生物试验中涉及了微生物样品和微量化学试剂（非腐蚀性），使用装备外排管道的安全柜是必要的。因为HEPA过滤器并不能有效过滤清除化学气体，如果不能外排，将对实验室内工作人员和环境造成威胁；
3、如果生物试验中涉及了细胞毒素类药物，例如各类癌症治疗药物，必须使用的细胞毒素安全柜。
另外，需要明确了解生物安全柜与通风柜/超净工作台的区分。通风柜和超净工作台不属于生物安全柜，不可使用在涉及微生物材料的实验或生产过程中。
通风柜（通风橱）是为在化学实验过程中清除腐蚀性化学气体和有毒烟雾而设计的。由于没有装备HEPA过滤器，通风柜不能有效清除微生物介质。放置在通风柜内微生物样品会散播到柜外，污染实验室环境。
超净工作台（超净台）是为了保护试验品或产品而设计的，通过吹过工作区域的垂直或水平层流空气防止试验品或产品受到工作区域外粉尘或细菌的污染。一旦微生物样品放置于工作区域，层流空气将把带有微生物介质的空气吹向前台工作人员而产生危险。
生物安全水平
生物安全柜的选择需要根据所涉及微生物试验品或产品的致命性，传播媒介等因素，这些因素可划分为一至四级生物安全水平(BSL)：
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生物安全水平 |
致命性 |
媒介 |
可治愈性 |
范例 |
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BSL-1 |
无或极低 |
液体 |
可以 |
BS* |
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BSL-2 |
一般 |
液体 |
可以 |
HIV |
|
BSL-3 |
高 |
空气 |
可以 |
TBC |
|
BSL-4 |
极高 |
空气 |
不可 |
Ebola |
* Bacillus subtilis (草芽孢杆菌)
被分类为生物安全水平一级和二级的微生物试验品或产品不会产生气溶胶，因此在开放的实验台面上开展工作；而对于一些可能涉及或者产生有害生物物质的操作过程都应该在生物安全柜内进行，在这些条件下最好使用二级的生物安全柜。二级生物安全水平的试验品或产品是可以通过液体传播，所以操作人员必须对于污染的锐器要特别注意。客户在选购安全柜时，也因注意确保没有突出的锐角，在使用时也需要每天清理工作台面。
在三级生物安全水平的生物实验室中，所有与传染源操作有关的步骤，都在二级或者三级生物安全柜中进行，并由穿戴合适防护服的实验人员进行；对于四级生物安全水平，所有工作应限制在三级生物安全柜中；假若在二级生物安全柜中进行，必须使用装备生命支持系统的一体正压防护服。值得特别注意的是，当出现新型不明微生物时，也必须在四级生物安全防护实验室中进行。待有充分数据后再决定此种微生物或毒素应在四级还是在较低级别的实验室中处理。
生物安全柜的分类
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实验室生物安全等级 |
应用的生物安全柜等级 |
所能提供的保护 | ||
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人员 |
试验品 |
环境 | ||
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1-3 |
I |
可 |
否 |
可 |
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1-3 |
II(A1,A2,B1,B2) |
可 |
可 |
可 |
|
4 |
III |
可 |
可 |
可 |
生物安全柜可分为一级、二级和三级三大类以满足不同的生物研究和防疫要求。
一级生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。气流原理和实验室通风橱一样，不同之处在于排气口安装有HEPA过滤器。所有类型的生物安全柜都在排气和进气口使用HEPA过滤器。一级生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能对试验品或产品提供保护，目前已较少使用。
图一：一级生物安全柜气流模型图
二级生物安全柜是目前应用最为广泛的柜型。 与Ⅰ级生物安全柜一样，Ⅱ级生物安全柜也有气流流入前窗开口，被称作“进气流”，用来防止在微生物操作时可能生成的气溶胶从前窗逃逸。与Ⅰ级生物安全柜不同的是，未经过滤的进气流会在到达工作区域前被进风格栅俘获，因此试验品不会受到外界空气的污染。 Ⅱ级生物安全柜的一个独特之处在于经过HEPA过滤器过滤的垂直层流气流从安全柜顶部吹下，被称作“下沉气流”。下沉气流不断吹过安全柜工作区域，以保护柜中的试验品不被外界尘埃或细菌污染。
图二：二级生物安全柜气流模型图
