在生物医学系统，真正能开展生物分子相互间作用力的测量单位，几乎没有。发表在第七届全国STM（扫描隧道显微镜）学术会议（2002年,上海）上有关生物医学的文章，约32篇, 没有论及生物分子相互间作用力测定的文章。此种情况表明，AFM在生物医学中的应用还有许多问题。例如，生物医学样品的制备，软生物样品的固定，分辨率的进一步提高，功能化探针的制备及基底表面的固定，针尖的几何形状及污染问题等急需解决。
近些年来，国内外研究表明：原子力显微镜在生医学研究中的应用具有很大潜力。它仍然是在纳米分辨率下研究生命科学的一个有力工具。如果我们将细胞学、免疫学、生物化学、分子生物学、生物物理学等与原子力显微技术有机地结合起来，将AFM和其他仪器设备（如透射电子显微镜、扫描电子显微镜、激光共聚焦扫描显微镜、生物质谱、核磁共振、X射线晶体衍射等）有机地结合起来，相互补充、取长补短，一定会获得很好的研究结果。可以预见，在不久的将来，AFM作为一项独立的研究方法将日臻成熟，应用范围也将日渐扩大，并将对生命科学的发展做出重大的贡献。
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