细胞周期分析:在细胞周期(G0，G1，S，G2 ，M)的各个时期，DNA的含量随各时相呈现出周期性的变化。通过核酸染料标记DNA，并由流式细胞仪进行分析，可以得到细胞各个时期的分布状态，计算出G0/G1%，S%及G2/M%。了解细胞的周期分布及细胞的增殖活性。也可利用细胞周期蛋白（CYCLIN）、Ki67、核增殖抗原（PCNA）等，对细胞周期进行精确的分期：G0、G1、S、G2、M.应用于：肿瘤的早期诊断、肿瘤的良恶性判断、观察细胞的增殖状态及周期分布和疗效监测。
1.检测细胞特异性标记物：FCM不但可以定性分析标记物，而且可以进行定量。用标记已知数量的荧光素分子的标准微球作参照，可以计算出每个细胞抗原定簇的个数；
2.CD4绝对计数；
3.CD34绝对计数；
4.可溶性物质(如细胞因子)的高通量定量检测 。
1.吞噬功能试验；
2.氧爆发试验；
3.根据T淋巴细胞分泌细胞因子的不同将CD4+或CD8+分为介导细胞免疫的I型细胞和介导体液免疫的II型细胞；
4.药物泵的功能检测 ；
5.NK细胞的肿瘤杀伤活性检测；
6.血小板的粘附,聚集功能检测。
5、细胞凋亡研究
1.鉴别凋亡与坏死；
2.测定凋亡率；
3.研究凋亡触发机制。
1.微生物快速鉴定及药敏；
2.分子流式细胞术，利用寡核苷酸为探针，检测端粒酶的长度；
3.运用抗体进行血小板抗原基因型分型;
4.利用GFP或YFP为探针检测基因转染;
5.死、活细胞鉴定等等。
