前些时候做分子生物学实验时老师给我们的实验讲义,整整做了一天,不过最后电泳时没有看到结果,可能是提取时RNA被降解了吧,第一步EP管中就没看到RNA沉淀。
分子生物学实验指南
植物材料
携带蚕豆萎蔫病毒(Broad bean wilt virus 2, BBWV-2)的蚕豆植株(采自湖北省境内)
材料、耗材与试剂
研钵、移液器
1.5 mL 离心管、兰色、黄色和白色吸头;
液氮;
琼脂糖、溴化乙锭(ethidium bromide,EB)、上样缓冲液(6×)、DNA分子标记、电泳缓冲液(见配方);
M-MLV 逆转录酶、RNA 酶抑制剂(Rnasin)、dNTPs、正反向引物;
含镁离子的Taq DNA 聚合酶;
氯仿、苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)、无水酒精、75%酒精。
电泳缓冲液配方
实验1 RNA 的抽提
方案
从感染BBWV-2 的蚕豆叶片提取总RNA,方法参照公司TRIZOL 试剂盒说明,具体步骤如下:
a 取0.1g 叶片,加液氮研磨成粉状
b 加1mL TRIZOL,室温放置5min
c 加200μL 氯仿,剧烈振荡15s,室温放置3min
d 12,000rpm 4℃ 离心15min
e 取上清液,加500μL 异丙醇,混匀
f 12,000rpm 4℃离心10min
g 75%乙醇洗涤沉淀,真空干燥
h 加30~50μL DEPC 处理的纯水,-70℃保存备用
实验2 cDNA第一链的合成
合成引物
根据已报道的序列合成一对引物。利用该对引物扩增位于小外壳蛋白(coat protein, CP) 基因内的片段,大小为450bp。
方案
取2μL(约1μg)总RNA,加1μL (5pmol) 反向引物、4μL 5×逆转录酶缓冲液、0.8μL Rnasin、1μL dNTPs,1μL (15U) M-MLV 逆转录酶,加足 DEPC 处理的去离子水至总体积为20μL,37℃水浴60min, -20℃保存备用。
实验3 PCR 扩增
方案
取0.5μL 反转录产物为模板进行PCR 扩增。扩增体系为:2.5μL 10×PCR 缓冲液(含MgCl2),1μL dNTPs,5′端和3′端引物各0.2μL (1pmol),0.5μL (1.25U) Taq DNA 聚合酶,补去离子水至反应总体积25μL。
扩增条件为:94℃预变性3min 后,94℃变性30s,57.5℃退火30s,72℃延伸45s,共36 个循环,72℃延伸5min。
实验4 琼脂糖凝胶电泳
方案
1、1g 琼脂糖加入100ml 1×TAE电泳缓冲液中,摇匀。在微波炉中加热至琼脂糖完全溶解(冷却到60℃,加入100μl的0.5mg/ml EB,并摇匀。);
2、用胶带将制胶板两端封好,插入适当梳子,将溶解的琼脂糖(约50℃)倒入,室温冷却凝固;
3、充分凝固后撕掉两端的胶布,将凝胶置入电泳槽中,加1×TAE电泳缓冲液至液面覆盖凝胶1-2mm,小心垂直向上拔出梳子;
4、用移液器吸取DNA样品10μl于封口膜上,再加入2μl 的6X载样缓冲液,混匀后,小心加入点样孔;
5、打开电源开关,调节电压至3-5V/cm,可见到溴酚蓝条带由负极向正极移动,电泳约30min-60min;
6、将凝胶放入EB染液中染色5-10min,用清水稍微漂洗;
7、将染色后的凝胶置于紫外透射检测仪上,盖上防护观察罩,打开紫外灯,可见到发出荧光的DNA条带。