原核和真核生物对于DNA的损伤都有很多的修复系统，如SOS系统。所有这些系统都是用酶来进行修复。其中有的系统是直接改变突变损伤，而另一些则是先切除损伤，产生单链的裂缺，然后再合成新的DNA，将裂缺修补好。我们可以将不同修复途经分为以下几类。

    一、   直接修复（Direct repair）

(一) 通过DNA聚合酶校正修复

前面在有关原核DNA中已阐明DNA聚合酶都具有3'→ 5'的外切酶活性，可对复制中错误掺入的碱基进行较正，使得DNA复制中实际的差错率大大减少。这种3'→ 5'外切酶活性是原核生物DNA聚合酶的特点，在真核生物中DNA聚合酶δ和α不同，具有3'→ 5'对切酶活性。

在介绍原核DNA聚合酶结构已说明DNA聚合酶3'→ 5'外切酶功能是ε亚基承担的，若编码这个亚基的基因发生突变，那么就失去校正的功能。

（二）光复活反应

直接修复损伤的另一个例子是对由UV诱发的胸苷二聚体的修复，这个系统叫做光复活（photoreactivation）或光修复（light repair）。修复的过程是通过 在波长范围为320～370mm（兰光）的可见光中，二聚体可直接恢复成原来的样子。催化光复活反应的酶叫做光裂合酶（photolyase），它是由phr基因编码的。此酶可被光的光子所激活，结合在二聚体上，剪切二聚体的部分。由于在所有被研究过的生物中都发现了这种酶，因此它可能是一种普遍性的酶，它的功能是沿着双螺旋“清扫道路”，寻找由胸苷二聚体产生的凸出部分。由于TT很少，所以光裂合酶显的非常有效。若有6～4个二聚体就难以奏效。

烷基转移酶（Alkyltransferases）也是一种和直接修复损伤有关的酶，它们可以切除掉NG和EMS加在G的O-6位上的烷基。这种酶还可以将0-6甲基上的甲基转移到蛋白质的C上。当转移后，酶就失去了活性，因此这种修复系统在烷基水平足够高时是能达到饱和的。