原核生物包括古菌和细菌，与真核生物的区别综合列于表 1-1 。主要差异有
（ 1 ）、原核生物的遗传物质主要是以双螺旋 DNA 构成的一条染色体 (chromosome) ，仅形成一个核区，没有核膜包围，无核仁，称为原核 (nucleoid) 或拟核，无组蛋白与之相结合。真核生物的遗传物质以双螺旋 DNA 构成一条或一条以上的多条染色体群，形成一个真核 (nucleolus) ，有一核膜包围，膜上有孔，有核仁，明显有别于周围的细胞质，并有组蛋白与之相结合。而且各种细胞器如线粒体、叶绿体携带有自己的 DNA ，可自主复制。
（ 2 ）、原核生物细胞的细胞质由细胞膜 (cell membrane) 包围，并有细胞膜大量褶皱内陷入细胞质中形成中间体或称为间体 (mesosome) 。不含其他分化明显的细胞器 (organelles) 。真核生物细胞同样由细胞膜包围，但不内陷，内含多种细胞器，如主要进行呼吸能量代谢的线粒体（ mitochondria ）和光合作用的叶绿体 (chloroplast) 等。各种细胞器有各自的膜包围，细胞器膜与细胞膜之间无直接关系。
（ 3 ）、原核生物和真核生物细胞的蛋白质合成都是在核蛋白体上进行，但大小不同，原核生物的核蛋白体为 70S ，而真核生物的核蛋白体为 80S ，其细胞器的核蛋白体也为 70S 。而且它们各自的亚单位构成也不一样，原核生物的核蛋白体是由 50S 和 30S 的两个亚单位构成，真核生物的核蛋白体是由 60S 和 40S 两个亚单位构成，各亚单位的构成上也有区别。
古菌、细菌和真核生物三域
原核生物中，古菌和细菌在细胞形态结构、生长繁殖、生理代谢、遗传物质存在方式等方面相类似，因而同属原核生物。但在分子生物学水平上，古菌和细菌之间有明显差别，主要表现见表 1-1 。从这些差异可见，古菌确是不仅在细胞化学组成上更是在分子生物学水平上不同于同属于原核生物的细菌和真核生物的另一类特殊生物类群。 古菌 (archaea) 、细菌 (bacteria) 和真核生物 (eucaryoutes) 三域 (urkingdoms) 的概念是沃斯 (Woese) 及其同事 1977 年根据对代表性细菌类群的 16S rRNA 碱基序列进行广泛比较后提出的，认为生物界的发育并不是一个由简单的原核生物发育到较完全、较复杂的真核生物的过程，而是明显存在着三个发育不同的基因系统，即古菌、细菌和真核生物。并认为这三个基因系统几乎是同时从某一起点各自发育而来，这一起点即是至今仍不明确的一个原始祖先。这一生物界三域观念已被广泛接受。
虽然从系统发育来看，细菌和古菌是二种不同的生物类群，但它们的细胞形态和结构却基本一致，同属原核生物 (Procaryotes) ，原核生物是指一大类细胞不具核膜，也无核仁，只有核区，称为原核的单细胞生物。本章介绍原核微生物的形态、结构和功能。表 1-1 古细菌、细菌和真核生物三域特性差异
比较项目 古菌 细菌 真核生物 细胞大小 通常 1μm 通常 1μm 通常 10μm 核膜 － － ＋ 遗传物质染色体 １条，环行染色体＋质粒 １条，环行染色体＋质粒 通常１条以上线行染色体＋细胞器 DNA 有丝分裂 － － ＋ 组蛋白 － ？ ＋ 细胞壁 无或蛋白质亚单位，假胞壁质，无胞壁酸 G ＋ 或 G － ，总是含有胞壁酸，枝原体属中无细胞壁 动物无，或有纤维素，几丁质等，无胞壁酸 细胞膜 含异戊二烯醚，甾醇，有分支的直链 含脂肪酸脂，甾醇稀少，无分支直链 含脂肪酸脂，甾醇普遍，无分支直链 含 DNA 的细胞器 － － 线粒体和叶绿体 内质网和高尔基体 － － ＋ 胞饮和阿米巴运动 － － ＋ 核糖体大小 70S 70S 80S( 细胞器中 70S) 核糖体亚基 30S ， 50S 30S ， 50S 40S ， 60S RNA 聚合酶亚基数 9~12 4 12~15 tRNA 共同臂上的胸腺嘧啶 无 一般有 一般有 内含子 ＋仅发现于 tRNA 和 rRNA 基因 － ＋ 延长因子 能与白喉毒素反应 不能与白喉毒素反应 能与白喉毒素反应 蛋白质或启动氨基酸 甲硫氨酸 N- 甲酰甲硫氨酸 甲硫氨酸 16(18)SrRNA 的３位是否结合有 AUCACCUCC 片段 有 有 无 对氯霉素的敏感性 不敏感 敏感 敏感 对环己胺的敏感性 敏感 不敏感 敏感 对青霉素的敏感性 不敏感 除支原体外，敏感 不敏感 对茴香霉素的敏感性 敏感 不敏感 敏感 对 diptheria 毒素的敏感性 敏感 不敏感 敏感 对利福平霉素的敏感性 不敏感 敏感 不敏感
