人们常说的微生物 (microorganism, microbe) 一词，是对所有形体微小、单细胞或个体结构较为简单的多细胞，甚至无细胞结构的低等生物的总称，或简单地说是对细小的人们肉眼看不见的生物的总称。指显微镜下的才可见的生物，它不是一个分类学上的名词。但其中也有少数成员是肉眼可见的，例如近年来发现有的细菌是肉眼可见的， 1993 年正式确定为细菌的 Epulopiscium fishlsoni 以及 1998 年报道的 Thiomargarita namibiensis ，均为肉眼可见的细菌。所以上述微生物学的定义是指一般的概念，是历史的沿革，但仍为今天所适用。
微生物的种类包括
| 细胞结构 | 核结构 | 微生物类群 | |
| 无细胞结构 | 无核 | 病毒 | |
| 亚病毒 | 拟病毒 | ||
| 类病毒 | |||
| 朊病毒 | |||
| 有细胞结构 | 原核 | 古细菌 | |
| 真细菌 | |||
| 放线菌 | |||
| 蓝细菌 | |||
| 真核 | 酵母菌 | ||
| 霉菌 | |||
| 藻类 | |||
| 原生动物 | |||
