理想群体假设群体中的交配是随机的，但很多群体对于某些性状而言交配并不是随机的。当非随机交配发生时基因型存在的比例就难以用哈迪-温伯格定律来进行估计。

一类非随机交配是正选型交配（Positive assortative mating）即当带有相似表型的个体优先交配。在自然群体中这种情况较为普遍。例如人类的选择性就很高。高个子女人和高个子男人婚配，矮个女人与矮男人婚配都比较常见，比随机频率要高。负选型交配（negative assortative mating）是不相同表型的个体交配的概率要大于随机交配。情况和上面的例子相反。正选型交配和负选型交配的类型都不会影响群体的基因频率，但他们可能会影响基因型频率。

另外两种非随机交配的类型是近交（inbreeding）和远交（outbreeding）。在我们学习数量遗传时近交会涉及到亲属间优先交配，近交实质是对亲属关系的正选交配。远交是非亲缘关系优先交配，突质上是负选交配。近交大部分是属于自交，此多发生在自花受粉的植物和少数自体受精的动物中,如某些种类的蜗牛。自交会影响到基因频率的改变，可以促进等位基因的纯合。