微生物的代谢产物分为初级产物和次级产物两大类。不同种类的微生物，初级代谢产物的种类基本相同，主要是指氨基酸、核苷酸、多糖、脂类、维生素等。不同种类的微生物次级代谢产物有很大的不同，如抗生素、毒素、激素、色素等。

    微生物代谢的调节机制主要有两种：酶合成调节机制和酶活性调节。酶合成调节机制是在基因水平上调节酶合成(即产酶量)而实现代谢调节的方式，属一类较间接而缓慢的调节方式。优点是通过阻止酶的过量合成来调节代谢，有利于节约生物合成的原料和能量。酶活性调节包括酶活性的激活和抑制两个方面。酶活性的抑制主要是反馈抑制，它主要表现在某代谢途径的末端产物(即终产物）过量时，这个产物可反过来会直接抑制该途径中第一个酶的活性，促使整个反应过程减慢或停止，从而避免了末端产物的过多累积。反馈抑制具有作用直接、高效快速以及当末端产物浓度降低时又可重新解除等优点。如谷氨酸棒状杆菌合成谷氨酸过程中的调节机制。