在德国的出色表现，使谭仁祥的归国期限在波尔曼教授的要求下比原计划延长了3个月。当3个月的延长期又将结束时，波尔曼教授还怀着惜别之情问他是否愿意留在柏林工业大学当助教。上世纪90年代初期，国外教师的待遇是国内收入的几十倍，对于一个初出茅庐的研究生来说，这无疑是一个相当大的诱惑。但谭仁祥不为所动，婉拒了导师的好意，选择了回国，因为他铭记着自己曾对中方导师、兰州大学教授贾忠建所作的郑重承诺：“我会回来的，请放心！”这不仅是他对学校和老师的承诺，更是他做人的一贯准则——言而有信。
当谭仁祥的才干被南京大学得悉后，求贤若渴的南京大学生物系向他敞开了大门。就这样，1992年年底，谭仁祥带着满腔的热情与宏大的抱负成为南京大学的一员，继续着他在生物王国里的辛苦勘探与解密。
回国以来，谭仁祥凭着钻研、悟性迎来了人生的收获季节：他及他所领导的团队先后研究了百余种重要药用（或资源）植物的内含物，分离鉴定了上千种成分，其中有数百种为首次测定结构的新化合物，有些还具有全新的骨架类型。迄今，他已发表论文189篇，其中173篇发表在SCI索引源刊物上。在谭仁祥现在承担的国家级科研项目中，有国家“863”重点项目（“抗肿瘤海洋药物的开发”）和目标导向项目（“海洋共生菌活性物质的高效利用”）和国家自然科学基金重点项目等。2005年，谭仁祥主持的项目“民间常用草药成分的分析与功能研究”还获教育部提名国家科学技术奖自然科学一等奖。
与学生共同延续成果转化之梦
在投身基础研究的同时，谭仁祥更注重将自己的研究成果转化为服务经济与社会的现实生产力。2000年，谭仁祥和他的课题组经过多年钻研，从一种药食两用的植物中发现了可以调节情绪的成分，经动物模拟实验证实后，谭仁祥激动不已：也许，这将预示着一种新型抗抑郁症药物的诞生！
时隔不久，国家科技部召集了一次小范围的重要会议，主题研讨高校的科技成果如何与企业成功对接，为地方经济作贡献。谭仁祥应邀与全国14名科学家、20位企业家共同参会。
研讨会上，谭仁祥满怀欣喜地介绍了他们的新成果。会后，深圳三九药业有限公司副总经理麦毅邀他具体商谈合作事宜，谭仁祥清晰地回答了该项成果的市场在哪里、能否占有市场这两个关键性问题，双方一拍即合。几个月后，谭仁祥与麦毅签下成果转让合同，三九药业投入数百万元，科技部也给予一定额度的资助。
目前，这一新药已进入一期临床阶段，近几年内有望推上市场，而这一药物“TM”胶囊的命名方式（由双方各自姓名的第一个字母组合而成）也成为纪念本次科学家与企业家成功合作的佳话。自此，谭仁祥带领课题组将成果转化之路越走越宽。
与个人奋斗的观点相反，谭仁祥不赞成搞孤军奋战，而是与学生共同延续梦想，因为他知道科学研究是一个浩瀚的海洋，凭借某一个人的力量无法胜利达到彼岸。他身后正有这样一支勇于创新、团结和谐的团队。针对团队中每个人的特点，谭仁祥总是能够充分发掘其潜力，让才尽其用。在学生身上，他花费的时间和心血远远甚于自己的儿子。尤其是在儿子高考的关键时刻，他还远在北京为研究和学生的发展奔波着。至今，课题组走出来的50多位博士和博士后大部分都已是副高以上职称，并在各自的工作岗位上发挥着骨干作用。
目前，他所领导的团队也越来越受到学术界和产业界的尊重和肯定。如南京大学生命科学院的孔令东教授获得2005年中国青年女科学家奖提名奖；焦瑞华博士获得2006年“百人会”英才奖；宋勇春副教授在YCP抗癌真菌多糖的发酵工艺研究方面成绩突出，并为开展临床前研究奠定了基础；吴俊华博士等人根据民间偏方，找到了一种活性强的保肝药物，目前这些成果已部分获得国家发明专利保护；戈惠明博士等人从海南岛特有的坡垒树中发现了一种骨架全新的化学成分，其活性与目前临床抗老年痴呆药物石杉碱甲的效果相当，而这一成果已在化学领域的权威学术杂志《欧洲化学》上刊发。
“如果一个导师不能培养出超过自己的学生，那他可能不是很合格。”谭仁祥现在的目标就是在有生之年培养出一批超过他自己的学生。曾有不少人劝谭仁祥，以他的实力和丰硕的成果，下海经商不愁发不了大财，但谭仁祥笑言：“如果单纯为了钱，当初我就不会回国，更不会留在国内发展。”也许，在研究的过程中揭示自然之谜并服务社会是他今生的宿命。他无怨无悔！
