在寒冷、腐臭、困苦中，维萨里获得了盖伦所不具有的第一手资料，光是骨骼系统，他就发现了盖伦论述中的200多个错误。1543年，维萨里出版了他的划时代巨著《人体结构》，搭配着美伦美奂的版画插图，他系统地描述了人体的骨骼、肌肉、血管、神经、内脏的特点，图中的人并不像现代解剖书中
死板站立并毫无表情的样子，而是或椅桌沉思，或驻足田野，颇具生活情趣。1543年正好也是天文学家哥白尼发表《天体运行论》的时候，哥白尼超越了托勒密的地心说，描述了天体的运动；而维萨里超越了盖伦的解剖学理论，描绘了人体的运转。维萨里在解剖中发现，男人和女人的肋骨一样多，因此《圣经》中所说的上帝从亚当体内抽出一根肋骨，造出了夏娃的说法是错误的。这个有趣的科学发现却激怒了迂腐的教会人士。教会与那些只会宣讲盖伦理论的“学者”们联手攻击维萨里，使他不得不放弃学术，返回到他的医生职业。这个退让的举动并没有平息教会的愤怒，不久，教会指责维萨里曾用活体进行解剖。维萨里被迫按照教会的旨意，到远方的耶路撒冷朝拜以赎罪。这一走就杳无音信，没有人知道他的下落。
