第十三条 实验室立项后进入建设实施期，其国拨及配套经费应根据《国家重点实验室建设计划任务书》要求安排，主要用于购置先进仪器设备及必要软件等，大型仪器设备的购置应采用招标形式。
第十四条 实验室建设应本着“边建设、边研究、边开放”的原则。依托单位在实施实验室建设期间，要定期向主管部门报告进展情况，保证实验室人员的相对稳定。建设期间实验室主任连续半年以上不在岗时，一般应及时调整并报主管部门批准，特殊情况应报科技部核准。
第十五条 实验室建设期限一般不超过2年。建成后，应提交验收申请，经主管部门初审后报科技部，科技部组织验收通过后予以批准。
第十六条 国家鼓励利用现代信息技术，探索有利于科技创新的新型科研组织形式，支持实验室网络化的建设。
第四章 变更与调整
第十七条 根据国民经济和社会发展、学科发展的需要以及实验室实际运行状况，科技部可调整实验室的布局及结构，对实验室进行重组、整合、撤消等。
第十八条 科技部争取有效的经费渠道支持实验室设备更新。确需更新设备的由实验室填报《国家重点实验室设备更新申请报告》，科技部组织论证后，由主管部门组织实施。必要时国家有权调配由国家装备的大型科研仪器设备。
第十九条 实验室确有需要更名、变更研究方向或进行结构调整、重组的，须由实验室主任提出书面报告，经学术委员会和相关学科专家的论证，论证报告经主管部门审核后，报科技部核准。
第五章 运行与管理
第二十条 实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，试行依托单位领导下的主任负责制。
第二十一条 实验室主任由依托单位推荐，主管部门聘任，报科技部备案。主任应是本领域高水平的学术、学科带头人，具有较强的组织管理和协调能力，年龄一般不超过六十岁，任期为五年。一般每年在实验室工作时间不少于八个月 (一届累计不在岗时间最多为十八个月) ，特殊情况要经主管部门批准。
第二十二条 学术委员会是实验室的学术指导机构，主要任务是审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题。学术委员会会议每年至少召开一次。
第二十三条 学术委员会由国内外优秀专家组成，人数不超过十五人，其中依托单位的学术委员不超过总人数的三分之一，中青年学术委员不少于三分之一。学术委员任期五年，年龄不超过七十岁，每次换届应更换三分之一以上成员。
第二十四条 实验室实行课题制管理和试行下聘一级的人事制度，研究队伍由固定人员和流动人员组成，少量固定人员以学科、学术带头人（首席 专家）为主，按实验室所设学科严格控制其编制，由实验室主任公开聘任。其他研究人员数量由学科、学术带头人（首席专家）根据研究工作的需要和争取到课题的 实际情况自主聘任，受聘人员作为流动编制经实验室主任核准后，其相关费用由课题组负担。实验室应注意稳定一支高水平的技术队伍。
第二十五条 实验室要根据研究方向设置开放基金和开放课题，吸引国内外优秀科技人才，加大开放力度，积极开展国际和国内合作与学术交流。
第二十六条 实验室应加强知识产权保护。对实验室完成的专著、论文、软件、数据库等研究成果均应署实验室名称，专利申请、技术成果转让、申报奖励按国家有关规定办理。
第二十七条 实验室主任基金在运行补助费中列支，由实验室主任管理，主要用于支持具有创新思想的课题、新研究方向的启动和优秀年轻人才的培养。在符合国家有关政策的前提下，实验室经费可用于岗位补贴、绩效奖励等。
第二十八条 实验室要建立健全内部规章制度，重视和加强管理。注重仪器设备和计算机网络的建设与使用效率。要重视学风建设和科学道德建设，加强数据、资料、成果的科学性和真实性审核以及保存工作。
