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已知基因序列的获取策略——兼谈引物设计与序列分析
作者:黄 钢… 来源:第三军医大学遗传教研室 时间:2008-6-1

    尽量减少RNAase污染
    -RNase的危害主要集中在将RNA pellet溶解在水中之后,防止RNA降解的重点应当放在组织样本的保存和RNA水溶液的保存上。
    -注意实验前的准备工作:各种器材的去RNAase处理与无RNAase的准备。
    -长期保存RNA时建议用去离子甲酰胺溶解总RNA沉淀

    如何确认RNA的质量
    -RNA的电泳图谱
    -检测RNA溶液的吸光度
    -保温试验
    -荧光染色、毛细管电泳和Agilent2100生物分析仪分析


    RT引物的选用
    -GSP:适合序列肯定的模板,常用于一步法RT-PCR。但是引物设计质量影响RT的结果。在扩增低丰度的转录本时是最好的。
    -Oligo dT引物:真核生物的mRNA适用,建议用于高质量RNA及全长转录本的逆转录;
    -随机引物:适合各种RNA的RT,可用于mRNA片段的逆转录。

    RT中提高合成全长cDNA的效率
    -消除mRNA 二级结构:逆转录之前将RT引物与RNA 模板进行短暂的热变性, 可破坏mRNA 二级结构, 促进锚定引物与模板的正确配对。
    -选用RNase H灭活改造的新型耐高温逆转录酶: Thermoscript、Superscript Ⅲ等,RT后建议进行RNase H消化处理。
    -锚定RT引物的选用:5'–(T)25V N–3‘
    -热启动RT
    -有条件者选用Tricine-EDTA Buffer溶解cDNA
        10 mM Tricine-KOH (pH 8.5)
        1.0 mM EDTA

    高保真DNA 多聚酶的选用
    -常用高保真DNA 多聚酶:如Pfu、Deep Vent、Vent、Pwo、KOD、Pyrobest、PrimerStar等
    -PCR过程中HotStart与Touchdown的使用
    -高保真DNA 多聚酶与普通rTaq的混合使用
    -PCR产物加A尾进行T-A克隆:循环即将结束时加入rTaq 5U 72 ℃保温20~30 min
    -两步变温法PCR

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