Pre-及subfractionation方法
Isolation of cell compartments and /or organelles, e.g., by sucrose gradient centrifugation;
Selective precipitation of certain protein classes (e.g., TCA/acetone);
Sequential extraction with increasingly powerful solubilizing buffers,e.g., aqueous buffers, organic solvents such as ethanol or chloroform/methanol, and detergent-based extraction solution
Chromatographic or electrokinetic separation methods
胶内差别电泳(difference in gel electrophoresis, DIGE)
一种改进的进行差别分析的2DE方法
DIGE分析特点
将样品和对照品用荧光染料进行标记，在同一块胶内，对样品和对照品进行双向电泳分析，为一种改进的2DE方法。
DIGE分析流程图
DIGE的优点
在DIGE时，由于样品和对照在同一胶内分离，使用相同的内标，避免了使用不同凝胶时在操作上的偶然性和不平行性，可以准确检测出两个不同样品蛋白表达上的差别，消除胶与胶之间的差异，保证统计上的可靠性及操作上的重复性。荧光标记较其他染色方法灵敏度更高。与常规的双向电泳技术比较，DIGE更加简单，劳动强度大大降低，效率大大提高。
双向电泳的应用
分离复杂的蛋白质组：包括系统分离(systematic separation)，鉴定(identification)及定量(quantification);
预测蛋白质的翻译后修饰；
差别表达蛋白质组分析，研究细胞分化、寻找疾病相关的生物标记分子、进行疾病治疗情况的监测、药物开发及癌症研究等。
2DE的局限性
The results are difficult to reproduce
It has a limited dynamic range and is difficult to audomate.
It is labor intensive
alternative method: multidimensional liquid chromatography (MDLC), the dimensions are displayed in time rather than space.
