进行2DE分析几点建议
样品制备是关键,务必使蛋白样品充分裂解,除去颗粒性物质,如核酸、糖,盐及去污剂等的影响
要注意蛋白从第一向到第二向的转移,可用分离胶直接封闭IPG胶条
为了提高银染的效果,玻璃板和染色盘一定要清洗干净
如要进行差别蛋白组分析,银染的方法要注意和质谱分析相匹配
提高2DE分辨率的策略
首先采用宽pH范围的胶条,确定蛋白的分布范围,通常采用pH3-10的胶条
如果pH线性分布的胶条分离效果不好,可采用非线性胶条
加大蛋白上样量,提高局部蛋白的分辨率
采用窄pH范围的胶条,提高某pH范围蛋白的分辨率
第二向采用梯度胶进行分离
去除高丰度蛋白,进行蛋白的fractionation处理,富集低丰度蛋白
采用窄范围pH胶条对pH4-7的2D胶进行局部分辨率提高的分析举例

pH4-7胶条分析的2D胶图谱

pH4-5胶条分析的2D胶图谱

pH4-5胶条分析的2D胶图谱

pH5.5-6.7胶条分析的2D胶图谱
如上所示:通过分别用pH4-5,pH4-6,pH5.5-6.7的窄pH范围胶条,较单独用pH4-7的胶条,可大大提高局部区域的分辨率,使检测到的点数大大增加。

