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引物设计实例分析
作者:未知 来源:生物秀 时间:2007-3-26

    引物设计基本原则
    引物长度(primer length)
    产物长度(product length)
    序列Tm值 (melting temperature)
    G+C含量(composition)
    引物二聚体及发夹结构(duplex formation and hairpin)
    阅读框

    1. 引物的长度
    一般为15-30bp,常用的是18-27bp,但不能大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,即Taq酶的最适温度
    2.产物的长度
        扩增片段长度为100~600碱基对.
    3. Tm值
             引物的Tm值一般控制在55-60度, 尽可能保证上下游引物的Tm值一致,一般不超过2度. 如果引物中的G+C含量相对偏低,则可以使引物长度稍长,而保证一定的退火温度.
                 Tm=2(A+T)+4(C+G)
    4. 引物的GC含量
    有效引物中(G+C)的比例为40-60%,过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。
    5. 引物自身
    引物间3’端的互补、二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败

    任务
    用绿色荧光蛋白(GFP)标记蛋白NR1

     

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