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RT-PCR引物的选择
作者:未知 来源:生物秀 时间:2007-2-22

    随机引物

    适用于长的或具有发卡结构的RNA。适用于rRNAmRNAtRNA 等所有RNA的反转录反应。主要用于单一模板的RT-PCR反应。

    Oligo dT

    适用于具有PolyA尾巴的RNA。(原核生物的RNA、真核生物的 Oligo dT rRNAtRNA不具有PolyA尾巴。)由于Oligo dT要结合到PolyA 尾巴上,所以对RNA样品的质量要求较高,即使有少量降解也 会使全长cDNA合成量大大减少。

    基因特异性引物

    与模板序列互补的引物,适用于目的序列已知的情况。天为时 性引物 代公司的SuperScript One-Step System特别适合于与基因特异性 引物连用。

    PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异

    性扩增带与非特异性扩增带。

    原因

    建议

    引物

    引物特异性差

    重新设计引物,改变引物的位置和长度,增强其特异性或使用巢式PCR

    引物浓度过高

    适当减少引物浓度

    Mg2+浓度

    Mg2+浓度过高

    适当降低Mg2+浓度,从1mM3mM,间隔0.5mM进行一系列反应,确定对于每个模板和引物对的最佳镁离子浓度。

    耐热聚合酶

    酶量过多

    0.5U为间隔适当减少酶量

    退火温度

    退火温度过低

    适当提高退火温度或采用二阶段温度法

    PCR循环次数

    PCR循环次数过多

    减少PCR循环次数

    4. 操作多份样品时,制备反应混合液,先将dNTP、缓冲液、引物和酶混合好,然后分装,这样即可以减少操作,避免污染,又可以增加反应的精确度;

    5.
    最后加入反应模板,加入后盖紧反应管

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