在Workshop界面下进行程序的编辑。单击左上方的“Protocol”按钮，从文件夹中调出已编辑好的程序，或者点击左下角绿色框中的“Edit”按钮，进入PCR程序设置页面：
通过左边的“＋”或“×”按钮来增加或减少Cycle或Step，并在对应的位置输入各步反应的温度及时间、循环数等。在需收集荧光的Step右方PCR/Melt Data Acquisition选项下点击下拉按钮，选择“Real Time”，即选择在该步收集荧光信号。如许制作熔解曲线，则紧接PCR程序，通过“＋”或“×”按钮来添加制作熔解曲线所需的步骤，制作熔解曲线时，需收集荧光的Step右方PCR/Melt Data Acquisition选项下点击下拉按钮，选择“Melt Curve”。
在Workshop界面下，单击左上方的“Plate”按钮，点击右下角绿色框中的“Creat New”按钮，进入Plate设置页面：
在Salmple Volume选项中选择：25；Seal Type选项中选择：Domed Cap；Vessel Type选项中选择：Tubles；
按照Plate设置的位置，将反应管放入PCR仪中的对应位置，在在Workshop界面下，单击左上方“Run Set”按钮，将编辑好的PCR程序与设置好的Plate相匹配，点击右上方的“Run”进入程序运行页面，继续单击“Begin Run”按钮，根据提示，将结果文件保存到特定的文件夹中，反应即进入运行状态。
