二、siRNA的获得
1. 化学合成定制siRNA
尽管化学合成siRNA是最贵的方法，但却是最方便的——研究人员几乎不需要做什么工作就可以拿到高质量的siRNA。如QIAGEN-Xeragon公司可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA（可带标记）。它最适用于的情况是：已经找到最有效的siRNA序列，需要大量siRNA进行研究。QIAGEN还提供siRNA设计合成一体化服务“4-for Silencing siRNA duplexes” ：针对客户给出的一个基因序列，由QIAGEN的专家设计并合成4对siRNA，HPP纯度，保证至少一对抑制效率达到70%以上，如果达不到，免费为客户另行设计合成另外4对siRNA。
Figure 1. HeLa-S3 cells were plated out in 24-well plates at a density of 6 x 104 cells in each well, 24 hours after transfection. Cells were transfected with lamin A/C siRNA using the transfection reagents indicated, according to the manufacturer’s protocol. mRNA was purified from the cells 48 hours after transfection and quantitative RT-PCR was performed using the QuantiTect SYBR Green RT-PCR Kit with primers targeted to lamin
2. 体外转录法合成 siRNA
长链dsRNA合成
如果研究对象不是哺乳动物细胞，可以采用较长的双链RNA诱导RNAi现象。我们可以DNA Oligo为模版，通过体外转录合成dsRNAs，成本相对化学合成法而言比较低。目前市场上有很多这样的体外转录试剂盒，像NEB，EPICENTRE都提供类似的试剂盒。
特异性siRNA合成
多数生物尤其是哺乳动物，siRNA仍是诱导RNAi的最佳选择。以DNA Oligo为模版，通过体外转录合成siRNAs，成本相对化学合成法而言比较低，而且能够比化学合成法更快的得到siRNAs。值得一提的是体外转录得到的siRNAs毒性小，稳定性好，效率高，一般只需化学合成的siRNA量的1/10就可以达到同等的效果。这类方法主要适用于：筛选siRNAs，特别是需要制备多种siRNAs，以及化学合成的价格成为障碍时。Epicentre MessageMuter™ shRNAi Production Kit能高效地合成特异shRNA直接用于转染细胞，详见本刊“Epicentre最新的转录专家”介绍。
非特异性siRNA合成
特异性制备siRNA的方法的不足，是需要设计和检验多个siRNA序列以便找到一个有效的siRNA。而用这种方法——制备一份混合有各种siRNAs “混合鸡尾酒” 就可以避免这个缺陷。这个方法通常选择200—1000碱基的靶mRNA模板，用体外转录的方法制备长片断双链dsRN A ，然后用RNase III (或 Dicer)（大肠杆菌RNase III是一种识别双链 RNA的内切酶，产物为 3’端外悬2-3个碱基的双链短片段）在体外消化，得到siRNAs“混合鸡尾酒”。在除掉没有被消化的长链dsRNA后，这个siRNA混合物就可以直接转染细胞，转染方法和特异性siRNA一样。由于siRNA混合物中有许多不同的siRNAs，通常能够保证目的基因被有效地抑制。NEB公司的ShortCut™ RNAi Kit，就是采用此类方法的试剂盒。
