纯化中草药有效成分
中药的化学成分极其复杂。传统中药多是前熬后服用，有效成分多为亲水，包括生物碱、黄酮、蒽醌、皂甙、有机酸、多糖、肽和蛋白质。灵活及综合地利用多种层析方法，如离子交换、分子筛、反相层析，更容易分离到单一活性成分。Sephadex LH-20葡聚糖凝胶同时具备吸附性层析和分子筛选功能，例如，用甲醇分离黄酮甙，三糖甙先被洗下来，二糖甙其次，单糖甙随后，最后是甙元。Sephadex LH-20可使用水、醇、丙酮、氯仿等各种试剂，广泛用于各种天然产物的分离，包括生物碱、甙、黄酮、醌类、内酯、萜类、甾类等。
生物碱在酸性缓冲液中带正电，成为盐，HiTrap SP阳离子交换层析柱可以分离许多结构非常相似的生物碱。相反，黄酮、醌类、皂甙、有机酸等可溶预溶于偏碱的缓冲液中，在HiTrap Q阴离子交换柱上分离效果良好。
一般多糖纯化大多使用分子筛，如Sephadex，Sephacry1。若分子量在60万以下，并需更高等分辨率，可选择新一代的Superdex。一种植物可能含水溶性、酸溶性、碱溶性多种多糖。综合利用分子筛及离子交换层析有助进一步获各组分纯品。另外，多糖药物需去除可引起过敏反应的蛋白质，传统Sevag方法用丁醇脱蛋白需数十次。阴阳离子交换法可以一、两步快速去除多糖中残存的蛋白质。 SURCE 5、15、30RPC反相层析也很适合各种中药有效成分的检测、分离和放大制备。由于中药的成分非常复杂，SURCE反相层析可用范围为PH1-14，并可用1M NaOH、1M HCI清洗、再生。比传统硅胶反相层析更易于工艺优化及在位清洗，寿命也更长。
纯化肽类
肽类的来源有天然萃取、合成肽和重组肽三种。肽容易被酶降解，但可以从有机溶剂或促溶剂中复性，所以以高选择性的反相层析如Sephasil 、PepRPC、SOURCE 15RPC、SOURCE 5RPC或离子交换作纯化。Superdex Peptide HR是专为肽分子纯化设计的凝胶过滤预装柱，能配合反相层析作出更精美的肽图。肽分子制备可用离子交换配合凝胶过滤Superdex 30 PG。
纯化核酸、病毒
核酸的纯化用于去除影响测序或PCR污染物等研究。核酸可大致分为质粒DNA、噬菌体DNA和PCR产物等。病毒也可视作核酸大分子，和质粒DNA一样，可用分离大分子的Sephacry S-1000 SF、Superose或Sepharoce 4FF凝胶过滤介质去除杂蛋白，再配合离子交换如Mono Q、SOURCE Q分离核酸。
纯化寡核苷酸
寡核苷酸多应用在反义（anti-sense）DNA、RNA测序、PCR和cDNA合成等的研究。合成后含三苯甲基的寡聚核苷酸译音离子、以阴离子交换的Mono Q或快速低反压的SOURCE Q在PH12下可去除副产物，并避免凝集和保护基的脱落。载量大大高过反相层析，可用做大量制备。不含三苯甲基的失败序列可用反相柱ProRPC去除。
脱盐、小分子去处
使用凝胶过滤介质Sephadex G10、G15、G25、G50等去除小分子，效率高，处理量可达床体积30%。只需在进样后收集1/3-1/2柱体积的洗脱液，就可以去除该填料分离范围上限以下的小分子，简单直接。由于只是去除小分子，柱高10cm以上即可。整个过程一般可于数分钟至半小时完成。Sephadex G25系列介质专为蛋白质脱盐而设计，预装柱HiTrap Desalting(5ml)可用针筒操作。HiTrap Desalting(26ml)可在数分钟为多至10 ml样品脱盐。
疫苗纯化
使用凝胶过滤介质Sepharoce 4FF纯化疫苗，去除培养基 杂蛋白，处理量可大于床体积10%。柱高一般40-70cm，整个过程约半至一小时。目前使用该方法生产的疫苗品种有乙肝、狂犬、出血热、流感、肺结核、小儿麻痹疫苗等。分子量较小的疫苗可使用Sephacry S-500 HR，如甲肝疫苗等。
抗生素聚合物分析
《中国药典》自2000年版起要求抗生素头孢曲松钠需要找出聚合物占产品的百分比，规定使用Sephadex G10凝胶过滤去测定。
