3. Analyze - Duplex Formation
显示了上游引物、下游引物的潜在的二级结构的形成。【笔者注:文中可能没有提供下游引物的图】。二聚体给出了△G的值。发夹结构给出了△G、发夹环的Tm值。特定的发夹如果没有显示Tm值,那么发夹结构就不容易形成(Tm>0).
该窗口提供的信息有:
①引物的最稳定的3'断形成的二聚体
②引物整体形成最稳定的二聚体
③引物中形成最稳定的发夹结构(如果有的话)
④最稳定的二级结构用粗线表示。发夹结构用kcal/mol及Tm表示
4. Analyze - Composition & Tms
图中显示了【原文较乱,意思含糊】:
(1)采用各种不同的方法得出的引物的Tm值。其中:Td is a filter dissociation temp.=100pM的寡核苷酸在1M 盐中的Tm值。
(2)引物的碱基组成
(3)在不同的盐浓度、甲酰胺浓度下的Tm值【我不知道0%、10%、50%指的是什么,请大家指导?】
(4)错配的寡核苷酸的Tm值。
5. Analyze - False Priming Sites
Oligo在生物信息学软件包中提供了最精确的错误引发位点的分析。通过专门的算法检测所选的引物的同源性、膨胀区、环、错配及其它参数。图中的例子显示的是-40 m13 引物的分析结果:
第一个配对是原始位点的配对【428点,这里是不是指分数?】
第二个配对是真正的错误引发位点(Steffens et al. BioTechniques 15, 580-582, 1993.描述到)。【205点,这里是不是指分数?】
第三个匹配肉眼看,似乎更稳定,但不是一个显著的错误引发位点。
6. Analyze – PCR
一旦根据温度选择了上下游引物(通过OLIGO或手工的方法),PCR的实验条件、PCR产物的信息就自动生成了。
(1)在该窗口中调整引物浓度、盐浓度来改变最佳的退火温度。
(2)调整搜索条件,来确定最佳的引物对,使引物对的Tm或P.E.接近【注:P.E.表示引发效率】
(3)右下侧的小窗口显示了任何的相关的警告信息。
7. Analyze - LCR



