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引物设计常见问题与解答
作者:未知 来源:上海博彩生物科技 时间:2007-8-6

    30.已经溶解的引物,为什么原先使用正常,而过一段时间再使用就不好了?

    答:如果您溶解引物的水PH过低或污染了菌或核酸酶,会使引物降解。使用时没有充分解冻混合,液体不均匀也可能会造成引物加入量不准确。建议分装引物,避免反复冻溶。建议使用10mM Tris pH7.5缓冲液溶解引物,因为因为有些蒸馏水的pH值比较低(pH4-5), 引物在这种条件下不稳定。还有一种可能性是引物没有问题,而是PCR使用材料特别是模板的质量与先前使用的不完全一致。

    31.引物质量好坏的判断标准是什么?

    答:合成的引物和您的定单序列一致,而不是能否扩增出您所需要的产物。

    32.引物是我们设计的,现在您扩不出来,我们要负责吗?

    答:不负责任。我们免费为一些实验经验不足的人员,免费设计引物。引物设计好,我们都会发给您确认。设计引物时我们遵循一般的指导原则,但是设计的引物是否能够满足您的实验要求,扩增出您需要的基因片段,我们就不能保证了。我们遇到一些用户,他们讲:引物是你们设计的,也是你们合成的,我做不出,你们就要付责任。听到这样的抱怨,觉得心寒。

    33.PCR扩增不出就引物有问题吗?

    答:基本不是。当今发展出各色各样的PCR扩增技术,各色各样的高温聚合酶,就是来解决PCR扩增中遇到的扩不出,扩增效率低的问题。如槽式PCR就是扩增那些拷贝数很低的基因片段。 有些重复片段的扩增, GC含量高的片段,非要采用特殊扩增手段才能扩增出了。

       引物扩增不出,主要是下列两种情况比较常见(1) RT-PCR。请注意,很多基因通过常规RT –PCR方法是很难不增出来的。 RT- PCR成功的关键在于RT的反应的RNA质量和目标基因在特定组织和细胞中含量。(2)从基因组中扩增。一般情况下,基因在基因组中都是单拷贝,基因组作为模板需要严格控制用量。基因组DNA过高,会影响反应体系中的Mg和pH。

    34.PCR扩增有很强的非特异条带,说明引物有污染吗?

    答:不能。瞧,扩增目标很弱或没有,道是非特异性条带很亮,说明引物不纯或有污染。一些用户如是说。我们曾分析过一些非特异条带,测序发现在这些非特异性片段的两头至少可以发现一条引物序列。我们只能说非特异性扩增一般是模板污染(如RNA中污染基因组)或扩增条件不合适所致。

    35.引物合成的价格合理吗,还有下浮的空间吗?

    答:不合理。对引物合成的成本,我们做了准确的统计和评估,认为现阶段引物的价格处于一种非理性化状态,价格已基本探底。引物合成的成本主要由四部分组成:(1)合成原料 (2)设备折旧 (3)人员费用 (4)场地和水电等消耗。其中合成原料占生产成本占30%,设备折旧占30%,人员费用占20%,场地和水电消耗等20%。我们的合成成本控制是相当到位,原料管理也非常严格,原料进货成本不可能高于同行。现行的引物合成价格,已让我们感到十分吃力。我们需要对我们的用户负责,我们需要体现做人的准则,我们需要交税,我们需要收回设备的采购费用,我们需要给我们的用户提供配套服务,这些需要才使我们还在做引物合成。

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