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引物设计常见问题与解答
作者:未知 来源:上海博彩生物科技 时间:2007-8-6

    4.投诉定量不准是怎么回事儿?

    答:我们偶尔收到用户投诉定量不准的报告,出现这种情况的可能性有(1)生产人员定量错误。这种可能性有,但是不大,因为我们的生产人员都是经过严格的培训,程序化规范操作和换算。公司内部的考核机制也使得分装人员没有必要故意少给用户OD数,因为无论OD数是否达到定单要求,我们都统计为工作量,没有达到OD数的,分装人员将清单及时报到序列录入部门安排重合就可以了。合成产量的高低是序列录入部门人员的考核指标之一。一般情况下,引物都有留样。接到用户投诉后,我们都会找出留样重新定量,一般都没有问题。(2)分装没有问题,但引物抽干或收样过程中,引物干粉可能意外丢失。这种情况很少见。(3)系统误差,我们认为10%左右为允许误差。使用过程中,引物工作浓度范围很宽,定量上的少许偏差不影响实验。(4)用户没有能够正确理解引物OD数的含义,没有能够正确使用分光光度计,特别是使用微量测定;用户没有将OD读数,正确地转换成母液中OD数。这种情况比较常见。(5)用户收到引物干粉时,打开引物管盖前没有离心或其他误操作导致引物干粉部分丢失。

       例如,验证标2OD引物量是否准确,简单的做法是: 加入1ml水,彻底溶解混匀后,取100ul, 加入900ul水,用光径为1cm的石英比色杯,波长260nm, 此时光吸收的读数为0.2。

    5.需要什么级别的引物?

    答:引物常用的纯化方式C18脱盐,OPC纯化,PAGE纯化,HPLC纯化。根据实验需要,确定订购引物的纯度级别。

    应用

    引物长度要求

    纯度级别要求

    一般PCR扩增

    < 45base

    OPC

     

    >45 base

    PAGE

    诊断PCR扩增

    < 40base

    OPC, PAGE

    DNA测序

    20base左右

    OPC

    克隆,点突变等

    根据实验要求定

    OPC, PAGE,HPLC

    基因构建(全基因合成)

    根据实验要求定

    PAGE

    反义核酸

    根据实验要求定

    PAGE

    修饰引物

    根据实验要求定

    PAGE, HPLC

    6.最长可以合成多长的引物?

    答:引物越长,出现问题的概率就越大。我们合成过120base的引物,但是产率很低。除非需要,建议合成片段长度不要超过80mer,按照目前的引物合成效率,80mer的粗产品,全长(还不一定正确)引物的百分比不会超过40%,后续处理还有丢失很多,最后的产量是很低。

    7.需要合成多少OD数?

    答:根据实验目的确定。一般PCR扩增,2 OD引物,可以做200-500次50ul标准PCR反应。如果是做基因拼接或退火后做连接,1 OD就足够了。但是有些研究人员,就做几次PCR,但是却要5-10 OD。做全基因构建的引物都比较长,但是我们有些研究人员也要求高OD数。片段越长, 最后全长得率就越低,出错的几率就越大。超出需要之外的OD数要求,其实也是对社会资源的一种浪费,同时也从一个侧面反映了部分研究人员,特别是新手的自信心不足,总觉得需要重复多次才能成功。

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