删除越来越多的病毒基因并不总是先进的方法，因为某些基因可作出有益的贡献，例如，抑制了对抗载体的免疫应答，它们的被删除可能增加了载体被消除的速度，举个例子，E3区域编码保护病毒的相对分子量为19K蛋白，可从寄主免疫监督中设计细胞。各种有效的机理被包括在病毒载体的清除中，同側显示序列可帮助保持腺嘌呤基因组在细胞中的稳定性。作为药物试验，动物总不能反应病人发生的东西，在灵长类中产生炎症应答的载体可能不会在人类病人中发生，而相反的情况则可能发生。最近，第一个“真正”一期基因治疗临床试验已经开始：为了确定对人体腺嘌呤载体的免疫应答，对照志愿者已经进行腺嘌呤载体皮下注射试验（现在采用支气管注入），目的是测定人体对腺嘌呤载体的免疫应答。
通过设计病毒基因的正确结合（可能掺合各种来源的免疫抑制基因，同时消除刺激免疫基因产物和减少病毒壳体蛋白免疫遗传），不能被培育的腺嘌呤载体可能有低的毒性度，不产生免疫应答，因此会重复出现。这后一种观点是是重要的，因为腺嘌呤载体不会集成并在细胞中幸存有限的时间（虽然在非分离细胞中可能延长间隔时间）。
管理载体重复性的能力在许多治疗报告中将是严格的，例如，在血友病及囊纤维中便是如此。虽然设计不能激发免疫应答的载体将是昂贵的选择，但间歇应答能用于病人的瞬时免疫限制，以便允许载体的重复管理。另一方法是需要为抗原的免疫应答作阻止共刺激的相互作用，进行载体管理期的瞬时“束缚”免疫系统并使重复管理成为可能。
与腺嘌呤相关的病毒载体。运用于临床试验的另一个DNA病毒是与腺嘌呤相关的病毒AAV。（这是一种非致病源病毒，它广泛分布于人类人群中（大约人类的80%有直接抗AAV的抗体）开始对这种病毒产生兴趣是因为只知道哺乳动物病毒优先集成进入基因组的特殊区域（进入人类短臂染色体）。当该病毒不产生疾病时，它的嵌入位置出现在基因组的安全区域。因此可用于设计支配把特殊位置嵌进基因治疗载体。不幸的是，虽然曾建议设计保留某些特殊性的载体，但目前的载体出现了整合进入非特殊区域的现象。
即使还不曾获得整合位置特殊性，AAV曾显示出传导脑、骨骼肌肉、肝和合理的CD34+血细胞效应。然而，存在几种缺点：某些细胞需要非常高的复杂感染（为获得传导需要的每个细胞病毒颗粒数量）；AAV是小的，仅允许添加4.8kb大小的DNA；因为高效包裹细胞还没有开发，所以病毒颗粒的生产仍需花费心血；然而这些载体充满希望并呈现安全。进一步认识到，虽然预期野型病毒再会从载体中失去，但AAV有能力整合进入非分离细胞，而且以附加体状态保留直至细胞分离发生。
依据其它DNA病毒的载体
其它DNA病毒正在有可能为特殊情况当作基因治疗载体而研究。例如， 疱疹单一病毒（HSV）载体有为神经系统及几种其它类型细胞传导细胞的自然倾向。HSV剥离下来的部分叫amplicon,它具有一定的先进性，尤其是与其它病毒系统成分结合时，包括痘病毒的大量DNA病毒正在研究中。几个研究人员正在考察病毒（DNA和RNA）的复制活性或被减弱性。此外，杂交系统曾被报道，在这篇报道中，腺嘌呤病毒通常把逆转录病毒导入不能正常达到逆转录病毒传导的细胞中。
非病毒载体
虽然病毒系统是潜在的高效，但对将来作参考选择的非病毒基因输送系统提出两种建议：安全，制造方便。能设计出全部合成基因输送系统以避免产生结合病毒的危险，或由生物活性病毒颗粒工程化的其它毒素效应。还有，生产成品产品不应该比想象中的细菌那种组织细胞培养更复杂。QA/QC步骤应简单化。
基因治疗的临床应用
截止1998年底只有一个III期几个II期临床试验在进行；所有其它认可的基因治疗试验报告是小规模的I/II期试验。基因治疗公司/Novartis正在进行III期临床试验。治疗的疾病是多形成胶质细胞瘤，一种恶性脑肿瘤。治疗时，合理地把有能力杀死肿瘤细胞的基因嵌入肿瘤块中而保护正常的脑细胞。使用的逆转录病毒载体（G1TkSvNa）包括作为选择标记的抑制新霉素和疱疹单一胸苷激酶基因。真正注入肿块的的材料是鼠产细胞线（PA317）上生产，，它产生一种携带G1TkSvNa载体的逆转录病毒颗粒。由于脑肿瘤生长区域中的唯一分离细胞是肿瘤细胞，并由血管系统的细胞供血给肿瘤，逆转录病毒只传导分离细胞，接受载体的唯一细胞应该是肿瘤细胞和它的血液载体。病毒HSTK能把一个磷酸盐基团加到不带磷酸盐基团的核苷上，而内源的人体胸苷激酶却不会接受磷酸盐基团。因此，象药物ganciclovir这种异常的核苷提供给病人时，只有表达HSTK基因的细胞将磷酸脂化药物，并一起进入DNA合成环节中，最终被杀死。
