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采用实时定量PCR方法对水源中细菌RNA进行精确定量
作者:未知 来源:生物秀 时间:2007-8-3

    实验设计
    为了绘制沙门氏菌的生长曲线,在盛有80 ml BHI培养基的250-ml摇瓶中接种2ml过夜培养产物(最终OD600=0.065)。每个管做3份平行,并置于37°C摇瓶培养(100 rpm),按不同的时间间隔测量样品的OD600以及活细胞计数(克隆计数)。核酸提取中,0.2到1ml的液体培养基(最多109个细菌细胞)被转入1.5ml反应管;RNA样品则被均匀分散到2倍体积的RNA保护剂(QIAGEN)中,室温放置5min以稳定细菌RNA (1),再经13,000×g离心10min,取上清冻存于-20°C备用。另外,在新鲜的BHI培养基中加入沙门氏菌的过夜培养产物,经4.5 h生长后(37°C, 100 rpm, 最终OD600=1.7),3,000×g离心10min后把沉淀悬浮于0.25×Ringer 溶液(Oxoid)中,OD600被调整到0.2以使得每毫升培养液约含108个细胞。把1毫升上述培养物加入100 ml自来水或本研究院鱼池水中(每毫升培养液约含106个细胞),再把样品转入含90ml相应水样的瓶中,使菌密度为每毫升1-106个细胞。
    结果分析
    通过设计沙门氏菌invA和16S rRNA基因对应的特异引物,并采用Q-PCR和Q-RT-PCR方法对新的DNA和RNA参照进行了评价(Table 1)。每组样本都呈现出良好的线性标准曲线,相关系数(R2)可达到≥0.995,针对invA的线性范围达8个数量级,对16SrRNA则达7个数量级(Fig. 1)。在检出极限上,invA可达2个拷贝,16S rRNA则为1,000拷贝(Table 2)。反应效率值居于0.8和1.0之间(Table 2)。再经熔解曲线分析发现,每轮Q-PCR显示出很清晰的熔解曲线峰,而没有其他的非特异产物。

    FIG.1 invA和16S rRNA对应的DNA(A)或RNA(B)标准品所绘出的标准曲线。图中各点体现了Ct值和目标核酸浓度的对应关系。Ct值是指荧光信号达到预设荧光域值时样本扩增所对应的循环数,域值是软件自动计算得出的。

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