HRM应用举例：
1. 突变发现/筛查/扫描
2. SNP基因分型/等位基因区分
发现候选基因 ，关联分析（病例/对照），流行（群体或组），杂合性缺失，DNA印迹，单倍型
3. 肯定性测试
外显率/连锁研究
4. 物种鉴定
5. 表观遗传学/DNA甲基化
6. 微卫星分析 ，（串联重复）
连锁，印迹，不稳定性，杂合性缺失
利用荧光染料法检测单核苷酸多态性（SNP）
单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是指基因组DNA中某一特定核苷酸位置上发生转换、颠换、插入或缺失等变化，并且任何一种等位基因在群体中的频率不小于1%。一般来说，一个SNP位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。SNP是继RFLP和STR后的第三代分子标记，具有数量多、分布广和遗传稳定等特点。它与许多疾病直接相关，是决定人类疾病易感性和药物反应差异的主要因素。因此，SNP分析对于群体遗传学、疾病相关基因的研究、新药研究、临床检验和分子诊断等领域有着重要作用。
荧光定量PCR中的SNP分析平台主要是基于等位基因特异性杂交原理，通过检测PCR过程中产生的荧光信号来区分等位基因，每检测一个SNP位点需要一对TaqMan探针(或分子信标)和一对位于检测位点的上下游引物。下面介绍一种新的基于荧光定量PCR检测SNP位点的方法，它不需要设计特异性的TaqMan探针，只是通过溶解曲线的分析来区分等位基因，从而大大降低了检测成本。
该方法使用了两种不同的等位基因特异性正向引物，每个正向引物3′端的最后一个碱基对应于SNP位点的二等位基因，反向引物都一样，并使用荧光染料（SYBRGreenI）来检测PCR产物。纯合子基因组DNA只能被与其完全匹配的正向引物扩增，而杂合子基因组DNA能同时和两种正向引物结合扩增出两种PCR产物。
为了区分这两种扩增产物，我们在其中一个等位基因特异性引物的5′加一个20bp左右含GC重复序列。由于DNA的溶解温度主要与其片段长度和GC含量有关，经过修饰后的引物的长度和GC含量明显高于另一个等位基因特异引物，因此，使用这两种引物后的PCR扩增产物有着不同的Tm值。在PCR扩增结束后，运行一个溶解曲线程序，即让产物慢慢从60度升温到90度，从溶解曲线图上就可以分析出哪种等位基因参与了PCR扩增，由此也得到了相应的基因组的基因型。
