RNAi——制备siRNAs的几种方法--生物秀

小结

运用RNAi来诱导基因表达的沉默是一种制备基因功能缺失表型的有效的新方法。下表总结了5中不同的制备siRNA的方法。

比较项目	化学合成	体外转录	RNase III降解dsRNA	siRNA 表达载体	PCR 表达框
材料需求	21-mer RNA oligos(一对)	29-mer DNA oligos(一对)	转录模版 (200-1000bp，两侧带T7 启动子)	55-60-mer DNA oligos(一对)	~50-mer DNA oligos(一对)
全部制备/合成时间所需时间	4天—2周	24 小时 + DNA oligo合成时间	1 天 + 转录模版制备时间	5天以上 + DNA oligo合成时间	~ 6 小时 + DNA oligo合成时间
个人所需操作时间	几乎不需要*	中等	中等	多	中等
是否需要验证和寻找最有效siRNA	需要	需要	不需要	需要	需要
能否标记siRNA (例如用于荧光显微镜分析siRNA进入细胞过程或者在细胞中的定位）	能	能	能	不能	不能
转染的相对难易程度	好	好	好	差	差
可筛选性 (例如抗生素筛选)	不可以	不可以	不可以	可以	不可以
能否用于长效抑制	不可以	不可以	不可以	可以（抗生素筛选）	不可以
能否大规模制备	可以	有限	有限	可以	有限
检测总体转染效率	不可以	不可以	不可以	可以	不可以
每个基因的相对费用（不包含人力）	高	中等	低	中等	中等
*取决于合成后是否包含纯化、去保护，以及厂家提供的是已经退火的即用型双链还是冻干的单链

References

1. Sui G, Soohoo C, Affar EB, Gay F, Shi Y, Forrester WC, and Shi Y (2002) A DNA vector-based RNAi technology to suppress gene expression in mammalian cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(8): 5515-5520.

2. Brummelkamp TR, Bernards R, and Agami R (2002) A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells. Science 296: 550-553.

3. Paul CP, Good PD, Winer I and Engelke DR (2002) Effective expression of small interfering RNA in human cells. Nature Biotechnology 20: 505-508.

4. Lee NS, Dohjima T, Bauer G, Li H, Li M-J, Ehsani A, Salvaterra P and Rossi J (2002) Expression of small interfering RNAs targeted against HIV-1 rev transcripts in human cells. Nature Biotechnology 20: 500-505.

5.Castanotto D, Li H, Rossi JJ (2002). Functional siRNA expression from transfected PCR products. RNA 8(11):1454-1460.

6.RNAi——回顾

7.RNAi研究相关的产品介绍之一

8.利用试剂盒，自己制备siRNAs或者dsRNA

9.在细胞内表达siRNA引发基因沉默

10.RNAi技术专刊之五：体外转录合成双链RNA

11.长效抑制基因表达：GeneEraser shRNA表达载体

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