（二）Michelmore等人（1991）提出了混合群体分组分析法（Bulked Segregant Analysis，BSA）。该方法将F2或BCF1分离群体中研究的目的性状，根据其表型（如感病和抗病）分为两组，分别提取两组单株的DNA，等量混合，并用作模板进行标记分析。如果某一引物扩增的两个群体的DNA表现出多态性，则表明该多态性片段与目标性状基因连锁，然后用筛选出的有连锁关系的几个引物对分离群体的单株DNA进行扩增，找出更紧密连锁的分子标记。利用BSA法不需创造近等基因系，利用F2或BC1的分离群体即可完成标记，简单易行，目前在辅助选择研究中占据了重要位置,其前景也非常广阔。利用与目标性状基因紧密连锁的分子标记是进行质量性状选择的有效途径。NILs与BSA的结合运用，加速了与目的基因紧密连锁标记的建立与鉴定。
MAS的第一个应用的是有利基因的转育。为改善品种的某一性状，常用的方法是以此品种作轮回亲本，以具有目的性状的另一品种为供体，多次回交将目的基因从供体亲本转入轮回亲本。然而，在回交育种过程中，随着目的基因的导入，与目的基因连锁的不利基因也随之导入成为连锁累赘。利用与目的基因紧密连锁的DNA标记，可以直接选择在目的基因附近发生重组的个体，从而避免或显著减少连锁累赘，提高选择效率。
MAS的另一个应用是有利基因累加。蔬菜中许多基因的表型是相同的，在这种情况下，经典遗传育种研究就无法区别不同基因，因而就无法鉴定一个性状的产生是由于一个基因还是多个具有相同表型的基因共同作用。采用分子标记的方法，先在不同亲本中将基因定位，然后通过杂交或回交将不同的基因转移到一个品种中。通过检测与不同基因连锁的标记判断一个个体是否含有某一基因，以辅助选择，即将表型的检测转换成基因型的检测。
标记辅助选择育种已开始在育种中应用。Chen（2001）利用与水稻抗白叶枯病基因Хa21连锁的标记辅助选择，通过3代回交、1代自交成功地将Хa21基因导入恢复系6087中，6087（Хa21）与轮回亲本相似性达到98.8％。然而迄今为止，辅助育种成功应用的例子仍较少。
五、数量性状因位点（QTL）的分子标记辅助选择
大多数重要的农艺性状均表现数量性状的遗传特点，如产量性状、成熟期、品质、抗旱性等。数量性状易受环境条件的影响，因此选择效果不好。传统育种方法周期长，主要是由数量性状造成的。近年来，由于分子标记技术的发展，人们已可将复杂的数量性状进行分解，象研究质量性状经验基因一样对控制数量性状的多个基因进行研究。QTL是在高密度的遗传图谱基础上，通过一定实验设计，获得分子标记，借助Mapmarker软件分析确定控制某一性状的基因在染色体上的位置。
当目标性状由少数几个基因控制时用标记选择，对发掘遗传潜力非常有效。然而,，当目标性质由多个基因控制时（如产量）， 由于需要选择的世代较多，加剧了标记与QTL位点重组，降低了标记选择的效果。在番茄上已获得与抗冷、抗盐、果型、果大小、糖分含量、果重等的QTL，涉及121个座位。
