3）不需制备探针、杂交等程序，成本较低。
4）DNA用量少（10ngDNA即可完成一次分析），允许快速、简单地分离基因组DNA。已在遗传图谱构建、种质资源分析、基因标记等方面得到了广泛的应用（惠东威，1992）。RAPD是一种显性标记，分离群体中纯合体和杂合体通过后代才能区别，并且由于该技术采用的是随机引物扩增，扩增结果的稳定性较差，这在一定程度上限制了其发展。
图7-4 RAPD图谱
（二）特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP）
RFLP技术成本高，实验步骤多，周期长；RAPD标记稳定性较差，不利于育种中应用。在用RFLP和RAPD分析找到多态性DNA片段以后，将它们转化为特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP）或称序标位（Sequence Tagged Sites，STS）可以解决这些缺点。主要包括以下两种：
1）酶切扩增多态性序列（Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，CAP）将RFLP探针的两端测序，合成22-mer引物进行PCR扩增，扩增产物往往无多态性，需用内切酶酶解产物，产生多态性。
2）序列特异性扩增区（Sequence-characterized Amplified Region，SCAR）和位点特异相关引物（Allele－Specific Associated Primers，ASAP），对RAPD、AFLP片段两端测序，根据DNA序列，合成24-mer双引物进行PCR扩增。SCAR、CAP可以降低了成本，操作简便，稳定性强，对仪器要求低，可实现自动化分析，适合于大样本的快速分析。
（三）简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）
简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）或称微卫星DNA（Microsatellite Repeat）、简单串联重复序列（Short Tandem Repeat Polymorphism，STRP）。在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。
