（二）小卫星DNA（Minisatellite DNA）
小卫星DNA（Minisatellite DNA）又称数目可变串联重复序列（Variable Number of Tandem Repeat，VNTR）是一种重复DNA小序列，为10-几百核苷酸，拷贝数10-10000不等。多态性由于重复单位之间的不平衡交换，从而产生不同等位基因，可通过杂交检测出。其缺点是多态性分布集中，合成探针困难，应用并不广泛。
二、基于PCR技术的分子标记
（一）随机扩增片段长度多态性DNA （Random Amplified Polymorphic DNA）
随机扩增片段长度多态性DNA，简称RAPD技术，是由Williams和Welsh（1990）同时发展起来的一项新的遗传标记技术。RAPD以PCR为基础而又不同于经典的PCR，一般采用10个核苷酸的DNA序列为引物，扩增时退火温度降至35℃左右。与其它标记相比,RAPD具有以下优点： 1）不依赖于种属的特异性和基因组的结构，合成的一套引物可用于不同生物基因组的分析。 2）操作简单，可实现自动化，短期内可利用大量引物完成覆盖基因组的分析
