酶切扩增多态性序列（C1eaved Amplified Polymorphic Sequences，CAPS）是一类以PCR为基础的共显性的分子标记，它的基本原理是先用已知位点的DNA序列去设计一套特异性的PCR引物（19~27 bp）。然后应用这些去扩增该位点上的某一DNA片段；接着用一种专一性的限制性内切酶切割所得的扩增带并进行RFLP分析。

1993年Konieczny和Ausubel首先在拟南芥两种不同的生态型Columbia和Landsberg之间发展出了18套这样的CAPS标记。根据TAIR（The Arabidopsis Information Resource）最新公布的信息。在拟南芥中又有53套新的CAPS标记被鉴定出来。CAPS标记揭示的是特异PCR片段的限制性长度变异的信息，特异引物序列来自基因数据库、基因组克隆或cDNA克隆以及克隆的RAPD条带。

CAPS标记是特异引物PCR与限制性酶切相结合而产生的一种DNA标记，它实际上是一些特异引物PCR标记（如SCAR和STS）的一种延伸。当SCAR或STS的特异扩增产物的电泳谱带不表现多态性时，一种补救办法就是用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，然后再通过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性。用这种方法检测到的DNA多态性就称为CAPS标记。它揭示的是特异PCR产物DNA序列内限制性酶切位点变异的信息，也表现为限制性片段长度的多态性。

CAPS标记在实际研究中经常用到。例如，Williamson等（1994）找到了一个与抗线虫病基因Mi连锁的显性RAPD标记REX-1。经克隆测序设计出20碱基特异引物，转化为SCAR标记。但在所有抗感品系都会扩增出一条同样大小的带，无多态性表现。后用限制性内切酶TaqⅠ酶切后，抗感品系间表现了多态性，并能区分纯合、杂合品系，成为与Mi连锁的共显性标记。Caranta等（1999）获得了辣椒中与抗马铃薯Y病毒病和辣椒斑驳病毒病的抗病基因Pvy4紧密连锁的AFLP标记，将8个标记中最靠近的1个共显性AFLP标记转化成了共显性的CAPS标记。