（三）代表性差示分析（RAD）和抑制性扣除杂交（SSH）优缺点分析
代表性差示分析（RAD）优点可以概括为以下几个方面：①引物设计十分巧妙；②可重复性好；③假阳性少；④mRNA用量少、特异性高。其缺点为：①Tester组低丰度的分子自身杂交的几率很低，所以被扩增和克隆的几率仍很低；②酶切连接步骤太多，cDNA会损失很多，所以可能漏掉关键基因；③得到的不是cDNA全长而是其酶切片段。
SSH自从在克隆基因的实验中采用以来，其优势是非常明显的，主要表现在：①极大降低了假阳性率，由于SSH方法采用两次扣除杂交和两次PCR，保证了该方法具有较高特异性。据有关报道证明SSH方法假阳性率可降至6%；②具高度灵敏性，由于在反应中将丰度不同的单链分子含量归一化，保证了低丰度mRNA检测成功；③SSH法在一次反应中,可同时分离出上百个差异表达的基因,这一点远胜于DDRT-PCR和RAD。而其缺点与RAD类似。
四、交互扣除RNA差别显示技术（RSDD）
交互扣除RNA差别显示技术（RSDD）是由Kang等于1998年最新提出的结合扣除杂交和RNA差别显示两项技术发展而出的一种有效、快速分离差别表达基因序列的方法。该方法应用于肿瘤进展的研究，可鉴定和克隆已知的和高比率（>65%）的未知序列，这包括分别作为增强和抑制表达进展功能的cDNAs，分别称为增强进展基因（PEGen）和抑制进展基因（PSGen）。1999年通过交互扣除RNA差别显示技术已鉴定出了16条差别表达的基因，其中有5条为未知的PEGen，6条为未知的PSGen。该方法主要由三部分组成：
①交互扣除（reciprocal subtraction）：首先是要获得两个具有差别基因表达的细胞系的cDNA文库，然后将这两个文库进行交互扣除杂交，从而获得两个扣除cDNA文库。随后通过体内剪切得到质粒cDNA文库；
②差异显示（differential display）：由交互扣除cDNA文库获得的纯化质粒可直接进行差异显示，这包括PCR扩增(加入3种3′锚定引物和18种5′随机引物)和进行5%序列胶电泳并切割回收差异显示条带；
③表达分析（expression analysis）：运用反向Northern印迹分析（reverse Northern blotting）和Northern Blot分析鉴定经再扩增的DNA片段的差异表达。反向Northern Blotting是将经差异显示得到的扩增后的DNA片段转膜，并分别与来自两个不同细胞系总RNA经反转录制备的32P标记的cDNA第一链探针（reverse transcribed 32P-cDNA probe）进行杂交。234条再次扩增的DNA片段中有181条被探测到（77%），其差异表达显示水平比两种细胞间Northern blot分析要高1.8倍。最后经Northern blotting分析得到两种细胞系差别表达的DNA片段被克隆到载体上进行测序分析。RSDD目前被证实对于发生在复杂基因组以及细胞生理变化中差异表达的基因有效且快速鉴定是很有价值的。
五、基因表达系列分析（SAGE）
基因表达系列分析（SAGE）是通过快速和详细分析成千上万个EST（express sequenced tags）来寻找出表达丰富度不同的SAGE标签序列。该法中，通过限制性酶切可以产生非常短的cDNA（10-14 bp）标签，并通过PCR扩增和连接，随后对连接物进行测序。SAGE大大简化和加快了3’端表达序列标签的收集和测序。同DD一样，SAGE是一个“开放”的系统，可以发现新的未知的序列。在进行样本的比较之前，SAGE在cDNA的产生和处理上需要较多个步骤。由于SAGE是一个依赖DNA测序的基因计量方法，它对基因表达的测定比DD更加量化。由于需要进行大量的测序反应，所以费用因素使大多数研究机构对其广泛应用的主要限制。
