（2）构建整条染色体重叠群
关等[21]切割了人类6号染色体13个彼此相邻的不同区带探针池，由此构建了6号染色体重叠群。
（3）构建DNA图谱
STS和EST为DNA制图中一种重要的物理界标。人类基因组计划原定目标是获得分布于整个基因组约30000STS。使每隔100kb就有一个标记。Soejima等[39]通过显微切割分离了11q13.4-q25的50个STS。而建立全基因组的基因图，将加速对简单孟德尔性状基因的搜寻和对复杂性状基因的认识，同时cDNA系列可以申请专利，这就激发了许多药物公司对cDNA测序的兴趣。用显微切割构建cDNA区带文库，无论是DNA序列分析还是致病基因的定位侯选克隆都有深远意义。
（4）染色体工匀染区（HSR）的研究
HSR是可见的基本扩增区，Xu等[40]发现在小细胞肺癌中11q13有基因扩增后再发生重排。关等[41]则切割了卵巢癌常规G显带中不能确定HSRs的染色体来源。通过与正常核型杂交确定了HSRs的染色体来源。这些选择性扩增区域包括与卵巢癌相关的基因。作者共切割7个病例12个HSR，其中3例有19q13.1-q13.2扩增。已知AKT2是丝氨酸-苏氨酸激酶基因，定位于19q13.1-q13.2，仅在UACC－326系中有AKT2基因扩增，卵巢癌基因侯选区还发现有4q16、15q15、15q22、q16q11-p13、2、16q21和16q24。关等通过显微切割与比较基因组杂交克隆了乳腺癌在20q-q13.2位点的三个相关基因。
（5）克隆易位断裂点
在人类恶性细胞中通达染色体易位已确定几种重要的生长调节序列有关遗传位点，如细胞癌基因和抑癌基因。Zhang等[42]确定了在恶性黑色素瘤基因中t(1;6）（q21;q14）的断裂点，并切割了该裂点区域，建立DNA微克隆文库，分离断裂点附近Cosmid和YAC，鉴定出一跨断裂点YAC。Muir等[43]则发现与头裂畸形相关的平衡易位，这两个断裂点都将有助于克隆易感基因。
（6）确定多发断裂点（断裂热点）
缺换6q为B淋巴胞瘤中最常见的一种染色体畸变。普通细胞遗传学作图分析和杂合性丢失（LOH）研究只检测了几个共同缺失区，而无法确定好发断裂点。关等[44]切割了9例病人畸变的6号染色体。其中5例结果与G显带分析不同，未见末端缺失。4例近着丝粒缺失定位于6q11，1例在6q12，缺失远端各异。其余4例有3例断裂点在6q11,1例在6q12，故可确定断裂热点在6q11。关推测6q11染色体改变可能是影响一个与滤泡淋巴瘤相关基因。或仅仅是因独特结构的一个胞性位点。
⑺基因定位和基因克隆
外生性骨疣（EXT）Ⅰ型、Ⅱ型基因分别定位在8q24.1和11p11,其中EXT1已被克隆。邓等[45]首次应用11p11显微切割探针池筛选500000个克隆的骨胳肌cDNA文库，得到12个阳性克隆，测序发现一个克隆与EXT1基因在总长度500bp的两个区有58%和59%的相似，再以之为探针筛选人脑干和胎盘cDNA文库,得到了EXT2基因的两个转录本,从而克隆了该基因。人心脏河豚鱼毒素耐受性电压闸门Na+通道α-体亚单位基因（SCN5A）通过体细胞杂交定位于3号染色体上。Georage等[15]分别切割染色体3pter-q21，3p14-qter,3p22-qter,3pter-p22,3p21，再以SCN5A基因上特异性序列设计引物进行PCR确定SCN5A位于3p21。基因作图对于正确估价遗传病综合征的侯选基因很有价值，3号染色体上还存在有其它电压依赖离子通道基因（CACNLIA2，定位于3p14.3），编码确定α-亚单位二氢吡敏感性钙通道，在脑和神经内分泌组织中表达，这对于3号染色体上其它电压离了通道基因相关特异性分析很有帮助。Shelley等[16]通过人鼠杂种细胞板用PCR确定人β2基因内含子的特定序列。为证实β2基因是否为5号染色体基因族的一个，分别切割5q32-q33与5q34-q35，用β2特异性引物扩增，5q34-q35出现198bp条带，从而确定β2基因位于5q34-q35,这是通过原位杂交无法做到的。这对于同源基因定位非常有效。
