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Northern杂交试验指导手册
作者:未知 来源:生物秀 时间:2007-7-17

    试验程序(带手套操作)
    1.在一经DMPC处理并高压灭菌的无Rnase污染的微型离心管中依次加入下列反应物(离心管置于冰上):线性化模板DNA 4μl(1μg)
    10×NTP标记混合物 2μl
    10×转录缓冲液 2μl
    DMPC-H2O 10μl
    T3或T7 RNA聚合酶 2μl
    2.轻轻混匀反应物,37℃保温反应至少2小时。
    3.如果必要,向反应体系中加入2μl无Rnase污染的DnaseI,37℃下再保温反应15min.以除去残留的DNA模板(由于DIG标记的RNA转录量大大超过DNA模板量,因此,这一步有时也可以省略)。
    4.向反应体系中加入2μl 200mmol/L的EDTA终止转录反应。
    5.再向反应体系加入2.5μl 4mol/L LiCl和75μl冰冷100%乙醇,4℃下沉淀过夜
    6.4℃下,12000rpm离心15min.,沉淀用70%冷乙醇洗涤一次,真空干燥。
    7.沉淀按1μg/10μl的浓度重悬于DEPC-H2O中(每一反应体系约10μg),并向其中加入20unit Rnase抑制剂,置于-20℃保存备测,检测后按一次杂交使用的体积分装再置于-70℃下保存。
    DIG标记的RNA在-70℃条件下可以稳定地保存至少1年。
    B. DIG标记有效性检测

    RNA转录物能通过琼脂糖变性胶电泳检测其探针完整性。标记效果可通过抗DIG碱性磷酸酶直接检测,有两种方法可以选择。

    方法一、用标准DIG测试条比较鉴定

    使用测试条鉴定包括两个步骤:首先,将转录标记的RNA稀释成一系列的浓度,并点样到空白测试条上(对照测试条已用一系列浓度点样);其次,将点样的备测试条与对照测试条一起进行免疫、显色反应,然后根据对照测试条计算备测样品的浓度。

    试剂及其配制
    20×SSC:3mol/ NaCl(175g/L)
    0.3mol/L 柠檬酸三钠•2H2O(88g/L)
    pH 7.0
    RNA稀释缓冲液:DMPC-H2O/20×SSC/甲醛(5:3:2)
    Anti-DIG-AP
    NBT溶液:75mg/ml NBT溶解在DMF(二甲基甲酰胺)中
    BCIP溶液:50mg/ml BCIP溶解在DMF中
    DIG空白试剂条:带正电荷的尼龙膜
    对照试剂条:在相同膜上已用不同浓度的DIG标记DNA点样(300,100,30,10,3pg)
    洗膜缓冲液:100mmol Maleic acid
    150mmol NaCl
    0.3%(v/v) Tween20
    pH 7.5
    Maleic acid缓冲液:100mmol Maleic acid
    150mmol NaCl
    pH 7.5
    封闭液:5% (w/v) SDS
    17mmol/L Na2HPO4
    8mmol/L NaH2PO4
    室温保存,如果需要,用0.45μm的滤膜过滤除菌。
    检测缓冲液:100mmol Tris-HCl(pH 9.5)
    100mmol NaCl
    TE缓冲液:10mmol Tris-Cl (pH 8.0)
    1mmol EDTA

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