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Northern杂交试验指导手册
作者:未知 来源:生物秀 时间:2007-7-17


    C. 试剂及其配制

    MOPS缓冲液(10×): 200mmol/L MOPS ( pH 7.0 )
    50mmol/L NaAc
    10mmol/L EDTA
    上样染料:50%甘油,1mmol/L EDTA,0.4%溴酚蓝,0.4%二甲苯蓝
    甲醛(37%溶液,13.3mol/L)
    染液:0.5mol/L NaAc(pH 5.2)中含0.04%的亚甲蓝
    甲酰胺(去离子)
    70%乙醇
    SSC(20×):3mol/L NaCl (175g/L)
    0.3mol/L 柠檬酸三钠•2H2O (88g/L)
    用1mol/L HCl调整至pH 7.0
    Denhardt溶液(100×):10g Ficoll 400 + 10g PVP + 10g BSA(Penta x组分V)
    用DSPC处理水溶解,定容至500ml,过滤后分装成每份25ml
    于-20℃保存。
    预杂交溶液:5× SSC
    5× Denhardt 溶液
    50%(w/v) 甲酰胺
    1%(w/v) SDS
    100μg/ml 鲑鱼精DNA(用前加热变性后加入)
    杂交溶液:DIG-RNA探针用预杂交液稀释成适当浓度
    2×洗膜缓冲液:2×SSC 加入0.1% SDS
    0.5×洗膜缓冲液:0.5× SSC加入0.1% SDS
    0.1×洗膜缓冲液:0.1× SSC加入0.1% SDS

    D. Northern转膜

    转膜前的RNA琼脂糖凝胶电泳参照RNA分离中的电泳方法,根据需要选用适当的 分子量Marker.

    1.在一个标准变性凝胶电泳完成后,凝胶用DMPC-H2O淋洗,以除去甲醛,然后置于 2×SSC(20×SSC用DMPC-H2O稀释)中浸泡15~30min.。
    2.构建转移平台:在塑料盒上横放一块玻璃板,玻璃板应比塑料盒长,但比塑料盒窄。剪一块与盒子等宽但长度是盒子长度2倍的滤纸,将其横放在玻璃板上,滤纸两头垂入盘中,用20×SSC浸湿滤纸,并向盘中加入足量的20×SSC。
    3.用锋利的小刀将凝胶边缘无用部分修去,并在靠加样孔的一放左上角切去一小块作为凝胶方位的记号。将凝胶置于平台中央,用玻棒滚动除去气泡,然后用石蜡膜封住凝胶四周边缘,避免覆盖样品部位。
    4.剪一片与凝胶暴露面同样大小的尼龙膜,在无RNase的水中浸泡5min.,然后将其放置在凝胶上面,膜的一条边缘应刚好重叠覆盖于加样孔的边缘。膜置于凝胶表面后即不应轻易挪动,膜与凝胶之间不应留有气泡。
    5.取两张与尼龙膜同样大小的滤纸,用20×SSC浸湿后置于膜的上方,用玻棒赶出气泡。切一叠略小于滤纸的纸巾,将其置于滤纸上方,在纸巾上平放一玻璃板,然后在玻璃板上压一重物,室温下转膜4~6小时或4℃过夜。
    在转膜过程中,要保证塑料盘中有足够的20×SSC,当纸巾浸湿后,要及时更换。
    6.拆卸转膜装置,翻转凝胶和膜使凝胶的一面朝上,置于一张干的滤纸上,用软铅笔在膜上标记凝胶加样孔的位置。
    7.取下凝胶,用2×SSC洗膜,再置于两张干滤纸上使膜晾干。
    8.交联:方法1. 将膜夹于两张滤纸之间,在80℃真空烘烤0.5~2小时;方法2. 将膜置于一可透过紫外线的塑料保鲜膜中,将有RNA的一面朝下,用紫外透射仪照射合适时间。带正电荷的尼龙膜适度照射可促进RNA上小部分碱基与尼龙膜表面带正电荷的胺基形成交联结构,从而增强杂交信号。但过度照射确会使RNA上更大一部分胸腺嘧啶共价结合于尼龙膜表面,导致杂交信号减弱。
    对于湿润的尼龙膜,总照射剂量为1.5 J/cm2,而干燥尼龙膜总照射剂量为0.15 J/cm2。
    9.转膜效果检测:如果需要,可对转移上RNA的膜进行染色检查转膜效果。将交联后的膜浸入5%冰醋酸中,于室温浸泡15min.,再将膜转移至亚甲蓝染液中,室温下浸泡5~10min.。可见明显的5s和18s两条RNA带,mRNA呈现模糊带型。

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