实验室的需求
·生物学实验室研究产生大量的EST/cDNA序列,如何分析数据成为现实问题。应用人工上网用blast比对分析1000个EST,约需2个月的工作量,且结果单一,数据不可靠。
·分析体系处理仅需1-2个小时,并且可以得到深入的分析结果,数据准确可靠。
·分析体系的完善需求
目前已经实现过相应的系统, 我们在分析思路的设计方面进行了改进并实现了多功能综合分析,本体系尤其适合对抑制性削减杂交(SSH)文库进行分析。
Outline :
·序列格式化,包括去除载体,屏蔽简单重复序列,计算核酸组成及长度,以Fasta格式输出
·比对Reference mRNA序列及Unigene序列,找出已知基因,并进行聚类分析
·对新基因序列进一步与人类染色体比对,筛选出可靠的新基因序列,排除错误序列
·新EST序列延伸,全长cDNA序列电子克隆及功能结构域分析
·点突变或者SNP分析
·制作基因表达图谱
Procedure:
Mask Vector and Format

