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cDNA文库组标准流程
作者:佚名 来源:生物秀 时间:2007-7-16

    4.取出置于室温(20℃-30℃)10min
    5.13000rpm室温离心2min,用移液器吸出上清到一个新的1.5ml离心管中,保留上清直到polyA被结合上。
    6.用移液器取400ulOW2Buffer混匀沉淀物,将混合物转移到SpinColumn中,RT,13000rpm,离心1min
    7.将SpinColumn转移到一个新的1.5ml离心管中,加400ulOW2,RT,13000rpm,离心1min
    8.将SpinColumn转移到一个新的1.5ml管中,取出25ulOERBuffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次树脂,室温13000rpm,离心1min。
    9.取出25ulOERBuffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次树脂,室温13000rpm,离心1min。
    10.测OD,并电泳定量。

    2.磁珠法分离mRNA
    1.在RNase-free的Eppendorf管中加入0.1~1.0mg的总RNA和RNase-free水至终体积为500ul.
    2.65ºC加热10分钟。
    3.加入3ul生物素标记的Oligo(dT)和13ul20×SSC于RNA中,轻轻混合,室温放置逐渐冷去至室温,一般需10分钟左右。
    4.同时配0.5×SSC1.2ml和0.1×SSC1.4ml.
    5.将磁珠(SA-PMPs)轻晃散开,放入磁性分离架上,使SA-PMPs集中于管的一侧(约30sec),小心去上清,切不可离心。用0.3ml0.5×ssc漂洗SA-PMPs,用磁性分离架集中磁珠,去除上清,重复3次。
    6.将漂洗后的SA-PMPs重新悬浮于0.1ml0.5Xssc,注意漂洗后的SA-PMPs应在30分钟内使用。
    7.将(3)中的oligo(dT)/mRNA退火反应物全部加入含漂洗好的SA—PMPs管中,轻轻摇匀,室温下放10分钟。
    8.用磁性分离架捕获SA-PMPs,小心去上清,但不要弃去。
    9.用0.1×SSC,每次0.3ml洗3次,每次都晃至SA-PMPs悬浮,最后一次漂洗后尽可能多的吸取水相,而不损坏SA-PMPs.
    10.将SA-PMPs重新悬浮在0.1mlRNase-free水中,反复颠倒,使SA-PMPs散开,洗脱mRNA。
    11.用磁性分离架捕获SA-PMPs,将洗脱的mRNA吸入另一个新的Eppendorf管中。
    12.将SA-PMPs再悬浮于0.15mlRNase-free的水中,洗脱,与(11)步洗脱液合并。
    13.将得到的mRNA溶液取几微升跑电泳,若mRNA浓度不足以进行下一步的反转录,则需将得到的mRNA溶液浓缩(浓缩步骤见14-18)。
    14.加0.1体积的3mol/lNaAc和1.0体积的异丙醇于洗脱液中,-20ºC沉淀过夜。
    15.4ºC,13000g离心60分钟。去上清,加入500ul70%乙醇混匀。
    16.4ºC,7500g离心10分钟。
    17.去上清,真空或空气中自然风干,但不要太干,加适量RNase-free水溶解。
    18.重复步骤5-12,将步骤8保留下的样品重新上柱

    注意事项:
    1.所有操作均需要严格戴手套,戴口罩进行
    2.如果totalRNA质量高,杂质少,就选择Oligotex的方法分离mRNA,相反则可以用磁珠法。
    3.mRNA的电泳图是smear.

    三.cDNA双链合
    1.SupersciptII—RT合成第一链:
    1.在一RNase-free的0.2mlPCR管中,加入
    xul  mRNA(大约500ng)
    1ul  XhoIPrimer(1.4ug/ul)
    (5’GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTT…3’)
    11-xulRNase-freewater
    (大于500ngmRNA分n管(500ng/tube)合成第一链,第一链合成完毕后将n管合成一管进行第二链合成.)
    2.混匀后,70℃反应10分钟;
    3.反应完成后,立刻将反应体系置于冰上5min;
    4.稍微离心一下,顺序加入以下试剂:

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