下一步是点measure菜单下的select measurements。选上要测量的项目。
注意,选完后要点击这个菜单中的measure按纽(而不是count/size窗口中的count按纽)。然后是OK按纽关闭measure窗口,点开view菜单下的measurement date和statistics数据窗口。几个object的测量数据就已经在里面了。
如果你还想继续增加objcet,可以直接用irregular工具画AOI,然后点convert AOI to object。这期间把数据窗口留着不关闭,可以看到新增的object测量数据会立即被更新。
在上面讨论的主要是irregular工具,它对于大个的孤立图形对象的选取是有用的。而面对组织切片中密密麻麻的细胞,就得用本主题讨论的segmentation工具了。
实际上,在第一部分入门中所用的就是segmentation工具,在那里我用颜色吸管选取了图片中蓝色的细胞核,但是如果仔细观察一下选取的效果就会发现,有一些挨在一起的两个以上的细胞核被识别成了一个,另有一些蓝色的杂质颗粒被错误地识别成了细胞核。
如果你试着用吸管工具选取一下图中黄色的免疫反应表达区域,就会发现因为黄色很浅,很不容易准确地选取。
所以对于segmentation工具还需要有更多的应用技巧。火锅在我之前已经介绍了不少,我在这里班门弄斧是为了保持我这个系列主题的内容完整。同时也是系统地整理一下这个工具的使用方法。
让我们还是从打开图片并调出count/size窗口开始吧。
对这种色彩饱和度低,各种成分颜色区别很小的图片来说,用吸管是很难准确选择到正确的颜色区域的。
在count/size窗口里选中manual,并点select color调出segmentation窗口。窗口里有两个表单,一个是color cube based,另一个是histogram based。如果你测量的对象颜色单一,色彩对比大,则使用color cube based中的吸管就可以方便地选择到需测量的区域。而对于那些有颜色深浅及亮度不同的测量区域,我们要选取后者,并且使用HSI颜色格式来进行分色选择。当切换到HSI时,会弹出一个窗口提示你会reset颜色选择,是否继续?当然是OK啦。这时的颜色选择全部重置为0-255。
在HSI颜色格式中,H为色调,就是我们眼睛所看到的红橙黄绿青蓝紫等。S为色饱和度,I为强度。在选择AOI时,首先保持S、I为最大范围,从H中选择黄色部分。使用这个颜色格式的好处是,选择的颜色能包括这种颜色的不同深浅及亮度。最适合于测量免疫组化图片。


