segmentation 工具与irregular工具在count/size中可以灵活应用。
1.单独使用irregular工具画一个或几个孤立区域,只测量它们几个的各种参数。
2.单独使用segmentation工具,对颜色对比明显的区域可简单使用吸管选色,对颜色不明显的图片用HSI格式来选择同样色调的区域。
3.同时使用irregular与segmentation工具,前者可以限制图片上的一个测量范围,后者则选择了这个范围内的特定颜色区域。具体作法请看下面几楼super270的跟帖。这可是高级的IPP技术呀。相比之下,实际上我讲的都是基本的,初级的使用方法。
4.在选色窗口中还有一个class1的下拉对话框,就是说,我们可以分别选择两种以上颜色,然后同时计算它们的各种参数。例如,我们可以先选择蓝色的细胞核并给它们标上紫色的标记色,再新建一个class2,选择黄色的免疫组化染色区域,并给它们标上红色。有时候我们会不得不使用这个技术:有的照片照得偏蓝色。这样在使用segmentation选择黄色的区域时会发现,一部分黄色的HSI值在0-30,而另一部分黄色区域的HSI值却在230-255之间。这时就不得不分别选择两个class,分别计算其IOD及area之后再把它们相加起来。
这大概也算是高级一点的技术吧。
关于AOI的技巧的讨论到此结束。欢迎各位跟帖提问讨论。并请继续阅读下一主题。
三、编制宏
我以前也不敢轻易使用宏,但是处理过大批量的数据之后才发现,宏是非用不可的工具,而且编制宏并不难。实际上宏不过是把一连串的操作集合到一个操作的有效工具。
当你只处理一张图片时,可真的用不上宏。但是当你作了两组实验动物,每组5只,每只动物切出来五张组织切片,每张切片选取了5个视野拍下了照片,这就一共有2*5*5*5=250张照片。如果你用IPP处理一张照片用时两分钟,就一共需要500分钟=8小时。这还不包括你因为操作错误所耽误的时间。
在处理一组照片时还有一个重要的因素要考虑,当你选取AOI时,是根据眼睛的判断来作出选择的,在两张照片之间仅用眼睛来判断很难保证这之间的判断在客观上完全一致。更何况250张照片呢?
所以,如果你需要处理大量的图片,花点时间学习编制自动操作的宏是值得的。
例如:
一大批图片,需要把它们的象素调整到一个较小的值以便上传到网上。
一大批图片,对每张图片进行一个扣背景的操作。
。。。。
这些简单的操作虽然只需点几下鼠标,但乘以100就费事了,作一个宏操作,处理每张图片只需按一次快捷键,就省事多了,还不容易出错。
对于分析免疫组化图片这样的复杂操作,制作一个宏来进行分析,节省下来的时间就更可观了。
首先是在所有待处理照片中挑选一张有代表性的典型图片,进行仔细的选色及分析测量。得到满意的结果后,就可以按照这个既定的操作程式进行宏的编制了。
以下面的免疫组化照片的分析测量为例。处理顺序是:
打开图片后
1.点开count/size窗口,点measure--select measurement 菜单,选择Area、density(mean)及IOD三个测量项目,不使用测量过滤。class object 标记为标记class颜色,
2.选择图片中黄色区域作为蛋白表达区,组织空白区域较亮的地方为背景区域。经试验这两个区域都用HSI分色选取比较准确。蛋白表达区的HSI分色数值为H:0-28,S与I都是0-255。背景区的HSI分色数值为H:52-140,S:0-255,I:173-255。
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